核心结论：母子公司人员混用工资的处理需结合法律关系、合同约定及税务合规综合判断，具体分为以下情形：

1. 劳动关系认定是关键

• 若员工与母公司/子公司单独签订劳动合同：工资应由签订合同的一方支付，另一方使用人员可能构成“劳务派遣”或“共享用工”。此时需明确：
  • 劳务派遣需符合《劳务派遣暂行规定》（如派遣比例不超过10%），否则可能被认定为“假派遣真用工”，需承担连带责任。
  • 共享用工需双方签订书面协议，明确工资支付、社保缴纳等责任，避免被认定为事实劳动关系。
• 若员工未签订合同但实际提供劳动：根据《关于确立劳动关系有关事项的通知》，需结合“用工管理、工资支付、社保缴纳”等证据认定劳动关系，可能由实际用工方承担工资责任。

2. 工资支付主体的法律风险

• 母公司支付工资，子公司实际用工：
  • 若无合法协议，可能被认定为子公司未及时支付工资，需承担《劳动合同法》第85条的加付赔偿金责任。
  • 税务上，母公司需代扣代缴个税，但子公司可能因未履行扣缴义务被处罚。
• 子公司支付工资，母公司实际管理：
  • 若子公司未与员工签订合同，可能被认定为母公司事实劳动关系，需补发工资及经济补偿。
  • 社保缴纳地与用工地不一致的，可能违反《社会保险法》第57条，需在用工地补缴。

3. 税务合规要求

• 个税代扣代缴：无论工资由哪方支付，均需以实际支付方为扣缴义务人，按“工资薪金所得”预扣预缴个税。
• 企业所得税处理：母子公司间的人员费用分摊需符合独立交易原则，否则可能被税务机关调整应纳税所得额。

4. 实务建议

• 签订书面协议：明确母子公司间的人员借用、工资支付、社保缴纳等责任，避免事实劳动关系争议。
• 完善用工手续：对混用人员办理入职/离职手续、考勤记录、工资条等，证明劳动关系归属。
• 定期自查合规：检查工资支付、社保缴纳、个税申报是否一致，避免行政处罚或劳动仲裁。

示例：若A公司（母）员工被派至B公司（子）工作，建议：

1. A公司与员工签订劳动合同，明确派遣至B公司；
2. A公司与B公司签订《人员借用协议》，约定B公司承担工资及福利费用；
3. A公司按月向员工支付工资并代扣个税，B公司将费用转账至A公司；
4. 社保由A公司缴纳，或通过劳务派遣公司操作以规避风险。

如有具体案例或合同条款需审核，可直接向我提供细节进一步分析。