员工违反纪律罚管理者的职务补贴是不合法的。以下从不同角度对此问题进行详细分析：

一、法律原则角度

根据《中华人民共和国劳动法》及相关法律法规，用人单位与劳动者之间应当遵循平等、自愿、协商一致的原则，建立劳动关系，并明确双方的权利和义务。其中，劳动者的工资、福利等劳动报酬是劳动者的合法权益，受法律保护。用人单位不得随意克扣或剥夺劳动者的劳动报酬，除非有明确的法律规定或双方协商一致。

在员工违反纪律的情况下，用人单位应当依据公司规章制度或劳动合同的约定，对员工进行相应的纪律处分，如警告、记过、降职、解雇等。但这些处分措施应当针对员工本人，而不应波及到管理者的职务补贴。管理者的职务补贴是其因担任特定职务而获得的额外报酬，与员工的纪律行为无直接关联。

二、实际操作角度

从实际操作的角度来看，罚管理者的职务补贴也缺乏合理性和可行性。首先，管理者的职务补贴通常与其管理职责、工作绩效等挂钩，而非与员工的纪律行为直接相关。因此，将员工的纪律行为与管理者的职务补贴相联系，缺乏合理的逻辑基础。

其次，罚管理者的职务补贴可能引发管理团队的不满和抵触情绪。管理者作为公司的重要成员，其积极性和稳定性对于公司的运营和发展至关重要。如果因为员工的纪律行为而罚管理者的职务补贴，可能会打击管理者的积极性，影响管理团队的稳定性和工作效率。

三、法律后果角度

如果用人单位擅自罚管理者的职务补贴，可能面临法律后果。一方面，管理者可能因此认为用人单位侵犯了其合法权益，而向劳动争议仲裁委员会或法院提起仲裁或诉讼，要求用人单位支付被克扣的职务补贴及相应的经济补偿。另一方面，如果用人单位的处罚行为被认定为违法或不合理，还可能面临劳动行政部门的处罚或社会舆论的谴责。

建议与提醒：

• 用人单位在制定和执行规章制度时，应当遵循法律法规的规定，确保规章制度的合法性和合理性。
• 对于员工的纪律行为，用人单位应当依据规章制度或劳动合同的约定进行处分，避免将处分措施扩大化或波及到无关人员。
• 如果用人单位在处理员工纪律问题时遇到法律困惑或难题，建议及时咨询专业律师或法律机构，以确保处理方式的合法性和有效性。

如果有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。