员工违纪被公司罚款，在一定条件下是合法的。具体分析如下：

1. 公司需有明确合法的规章制度：该制度应符合法律法规的规定，经过民主程序制定，并向员工公示或告知，确保员工知晓其内容。如果制度本身不合法或未履行相应的制定、公示程序，那么罚款行为则可能不被法律支持。

2. 罚款金额应合理：罚款金额不应过高，应与员工的违规行为相适应，且通常不能超过员工月工资的一定比例（如不超过20%）。过高的罚款可能被视为不合理，从而引发劳动纠纷。

3. 罚款应具有正当性：罚款的目的应是为了维护公司的正常秩序和利益，而不是为了惩罚员工或谋取不正当利益。如果罚款的目的不正当，那么该罚款行为也可能被认定为违法。

综上所述，公司对违反制度的员工进行罚款时，需确保符合上述条件，否则可能会引发劳动纠纷，甚至被认定为违法。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。