公司劳动纪律管理制度中的罚款条款一般是不合法的。以下是具体的分析：

一、罚款的法律性质与权限

罚款在一定意义上说，就是剥夺公民的财产权，属于财产罚的范畴。依照《立法法》和《行政处罚法》的规定，对财产的处罚只能由法律、法规和规章设定。公司和企业作为以营利为目的的经济组织，无权在规章制度中自行设定罚款条款，除非有相关法律法规的明确授权。

然而，自2008年1月15日《企业职工奖惩条例》被废止后，我国现行劳动保障法律法规中并未赋予用人单位对劳动者进行罚款的权力。因此，用人单位在劳动纪律管理制度中设定罚款条款，缺乏法律依据。

二、用人单位的劳动纪律管理权限

虽然用人单位不能直接对劳动者进行罚款，但并不意味着用人单位对劳动者没有管理权。根据《劳动合同法》等相关法律法规，用人单位对于劳动者严重违反规章制度或严重失职、营私舞弊等行为，可以采取解除劳动合同、要求劳动者赔偿损失以及按约定支付违约金等措施来维护自身的合法权益。

三、建议与合规做法

1. 修订规章制度：建议用人单位及时修订劳动纪律管理制度，删除不合法的罚款条款，确保规章制度的合法性与合规性。
2. 设立考核奖项：用人单位可以在规章制度中设立“月考核奖”或“年考核奖”等类型的综合考核奖项，通过考核来规范员工行为，对于达到考核要求的员工给予奖励，对于未达要求的员工则不享受或按比例享受奖励。
3. 加强法律培训：用人单位应加强对员工的法律培训，提高员工的法律意识和合规意识，确保员工能够遵守规章制度，维护良好的劳资关系。

综上所述，公司劳动纪律管理制度中的罚款条款一般是不合法的。用人单位应依法依规管理员工，确保规章制度的合法性与合规性，维护良好的劳资关系。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。