若行政复议过程中发现第二份笔录存在而第一份笔录缺失，可按以下方式处理：

1. 核实笔录缺失原因
   首先需确认第一份笔录是否确实未制作或未归档。可能存在以下情形：

   • 行政机关未依法制作首份笔录，违反《行政复议法》第24条关于“行政复议机构应当记录申请人、被申请人的陈述和意见”的程序要求；
     
   • 笔录已制作但因保管不善遗失，此时行政机关需承担举证责任，证明其已履行法定程序；
     
   • 申请人误认为存在首份笔录，实际行政机关仅制作了一份笔录。
     

2. 对复议程序的影响及救济途径

   • 程序违法性：若首份笔录缺失导致复议程序不完整，可能构成《行政复议法》第77条规定的“违反法定程序”情形，复议机关应决定撤销、变更或确认违法；
     
   • 申请人权利：申请人可依据《行政复议法》第22条，要求复议机构查阅、复制相关证据材料。若行政机关无法提供首份笔录，申请人可主张其未履行举证责任；
     
   • 补正措施：复议机构可要求行政机关限期补正材料，或依职权调查取证。若行政机关拒不补正，复议机关应直接作出不利推定。
     

3. 实务建议

   • 书面提出异议：申请人应在复议期间内向复议机构提交《程序违法异议书》，明确指出笔录缺失问题，并附相关证据（如复议受理通知书、送达回证等）；
     
   • 申请证据保全：若担心笔录被篡改或销毁，可依据《行政复议法》第41条申请复议机构对现有笔录进行证据保全；
     
   • 关注复议决定：若复议机关未主动审查笔录问题，申请人可在收到复议决定后15日内，以“程序违法”为由向法院提起行政诉讼。
     

提示：行政复议笔录是记录行政行为合法性的关键证据，其完整性直接影响复议结果。若您遇到此类问题，可进一步提供复议申请材料、笔录内容摘要等，我将为您分析具体应对策略。