在借条上签字担保但在还款协议上未签字的情况下，担保人是否继续承担担保责任，需分情况讨论：

一、一般情况下，未在还款协议上签字，担保人无需承担新的担保责任

担保责任的承担通常以担保合同的签订为依据。若担保人仅在借条上签字，而未在后续的还款协议上签字，这通常意味着担保人并未对还款协议中的新条款或新义务作出承诺。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，担保合同属于要式合同，需要担保人明确的意思表示，通常以书面形式（如签字）来确认。因此，在一般情况下，如果担保人未在还款协议上签字，那么对于还款协议中的新内容，担保人无需承担担保责任。

二、存在例外情形，可能需承担担保责任

尽管未在还款协议上签字，但如果存在其他能证明担保人愿意承担担保责任的证据，如口头约定、行为表现等，且这些证据足以使债权人相信担保人仍愿意为债务提供担保，那么在一定条件下，担保人可能会被认定为存在担保关系，从而需要承担担保责任。例如：

1. 口头约定：如果担保人与债权人之间有明确的口头约定，且该约定有充分的证据支持（如证人证言、录音等），那么即使未在还款协议上签字，担保人也可能需要承担担保责任。
2. 行为表现：如果担保人通过实际行为表明其愿意继续承担担保责任，如参与还款协商、实际履行部分还款义务等，这也可能被视为担保人愿意承担担保责任的证据。

三、法律建议与风险提示

1. 审查担保合同：担保人应仔细审查与债权人签订的担保合同，明确自己的担保范围、期限和责任。如果合同中有关于还款协议签字的具体要求，应严格遵守。
2. 保留证据：如果担保人确实未在还款协议上签字，但担心可能因此承担不必要的责任，应保留好相关证据，如借条原件、未签字的还款协议等，以备不时之需。
3. 咨询专业律师：如果担保人对是否继续承担担保责任存在疑问，或者面临债权人的追责，应及时咨询专业律师，了解自己的权利和义务，以及可能面临的法律风险。

总结来看，在借条上签字担保但在还款协议上未签字的情况下，担保人是否继续承担担保责任需根据具体情况来判断。如果存在疑问或面临法律风险，建议担保人及时咨询专业律师以获取准确的法律意见。