在民间借贷中，担保人在协议上签字但借条上未签字，担保关系通常不成立，但存在特殊情况。以下是对此问题的详细分析：
一、担保关系成立的基本条件
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，担保合同的成立需要满足一定的形式要件。具体来说，担保人必须在担保合同上签字、盖章或者按指印，这是担保合同成立的基本条件。如果担保人仅在协议上签字，而未在借条上签字，且该协议并未明确作为担保合同使用，那么从形式上看，担保合同可能并未成立。
二、担保关系不成立的法律后果
如果担保合同未成立，那么担保人自然无需承担担保责任。这意味着，在债务人无法履行还款义务时，债权人无法依据该担保合同向担保人主张权利。
三、特殊情况下的担保关系认定
尽管签字是担保合同成立的关键要素，但在某些特殊情况下，即使担保人未在借条上签字，也可能通过其他形式表达明确的担保意思表示，从而认定担保成立。这些特殊情况包括但不限于：
专门的承诺函：担保人通过出具专门的承诺函，明确表示愿意承担担保责任，并且该承诺函符合法定的合同形式要求。在这种情况下，即使担保人未在借条上签字，也可能被认定为存在担保关系。
电子邮件等电子形式：担保人通过电子邮件等电子方式，明确表示愿意承担担保责任，并且该电子形式符合法律规定的合同形式要求。同样，在这种情况下，担保关系也可能被认定成立。
单方保证：根据《民法典》的相关规定，第三人单方以书面形式向债权人作出保证，债权人接收且未提出异议的，保证合同成立。这种情况下，虽然担保人未与债权人直接签订担保合同，但其单方的保证行为仍可能构成有效的担保。
四、法律建议
明确担保形式：在民间借贷中，为了确保担保关系的有效性，建议担保人在借条或专门的担保合同上签字、盖章或按指印。同时，应明确担保的形式和范围，以避免后续纠纷。
保留相关证据：如果担保人通过其他形式（如承诺函、电子邮件等）表达担保意思表示，应确保这些证据符合法定的合同形式要求，并妥善保留。
咨询专业律师：在涉及担保关系的民间借贷中，如果存在任何疑问或不确定性，建议及时咨询专业律师。律师可以根据具体情况提供法律建议，帮助当事人维护自身权益。
如有更多疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况提供专业的法律意见。