特许经营协议书解除后，涉及的事项确实较为复杂，需要综合考虑法律条款、双方权益以及项目实际情况。以下是我为您详细梳理的解除特许经营协议后的处理步骤及注意事项：
一、明确解除原因及依据
首先，要详细审查特许经营协议的条款，特别是关于解除协议的条件和程序。解除协议的原因关系到解除程序的启动及双方责任的划分。建议双方进行充分的协商沟通，明确解除协议的意愿和依据，以避免后续争议。
二、处理已投入费用及补偿
费用核算：根据特许经营协议的约定，协议解除后，政府方或特许人通常需补偿被特许人或项目公司对项目的有效投入。双方应对“有效投入”的范围及金额进行核算，可能涉及项目公司的所有支出，包括但不限于设备购置、人员培训、市场推广等费用。
第三方评估：为消除双方对费用核算的分歧，建议由第三方出具评估报告作为双方协商确定补偿项目及金额的依据。这有助于确保补偿的公平性和合理性。
补偿协商：在核算清楚费用后，双方应就补偿金额进行协商。协商过程中，应充分考虑双方的权益和实际情况，力求达成共识。
三、处理已签订并履行的合同
合同承接：若项目公司在特许经营期间已签订并履行了相关合同（如勘察设计合同），协议解除后，这些合同的承接事宜需双方协商处理。政府方或新的特许人可能需要根据项目后续实施的实际情况，决定是否承接这些合同。
法律合规：在承接合同过程中，需确保符合相关法律法规的规定。例如，若承接合同涉及招标程序，应确保招标过程的合法性和合规性。
四、关注后续事宜
资金结算：协议解除后，双方应就资金结算事宜进行协商，确保各项费用的支付和收取符合协议约定和法律规定。
项目交接：若项目涉及实物资产的交接，双方应制定详细的交接计划，确保项目资产的完整性和安全性。
法律风险防控：在协议解除后，双方仍需关注可能出现的法律风险，如因协议解除引发的纠纷、诉讼等。建议双方保持沟通，及时协商解决可能出现的问题。
五、法律建议及咨询
在整个处理过程中，建议双方寻求专业法律人士的帮助，以确保处理步骤的合法性和合规性。法律人士可以提供详细的法律意见和建议，帮助双方更好地应对协议解除后可能出现的问题。
综上所述，特许经营协议书解除后，双方需综合考虑法律条款、双方权益以及项目实际情况，通过协商沟通、费用核算、合同承接、后续事宜关注以及法律建议及咨询等步骤，确保协议解除的顺利进行和双方权益的保障。