法院能否认定公诉人当庭提交证据为程序违法，需结合具体情况判断，但通常不会直接认定为程序违法，除非该行为严重违反法定程序。以下从不同角度进行分析：

1. 当庭提交证据的合法性基础

根据《中华人民共和国刑事诉讼法》及相关司法解释，公诉人在法庭上提交证据是其职责所在，关键在于证据的提交是否符合法定程序。若公诉人当庭提交的证据属于案件审理过程中新发现的证据，或者因特殊原因（如证据收集、整理的延误）未能提前提交，且该证据对案件事实认定有重要影响，法院通常会允许公诉人当庭提交，并给予辩护人充分的质证时间。这种情况下，当庭提交证据并不构成程序违法。

2. 辩护人提出程序违法的情形

辩护人提出程序违法，通常是因为公诉人当庭提交证据的行为违反了法定程序，如未提前告知辩护人、未给予足够的质证时间等。然而，程序违法的认定需满足“严重违反法定程序”的标准。若公诉人当庭提交证据的行为虽存在瑕疵，但并未影响案件的公正审理，或者辩护人能够通过其他方式（如申请延期审理、补充质证等）有效行使质证权，法院通常不会直接认定为程序违法。

3. 法院认定程序违法的标准

法院在认定程序违法时，会综合考虑以下因素：

• 证据提交的时间与方式：是否违反了法定程序，如是否在举证期限内提交，是否提前告知了辩护人等。
• 对案件公正审理的影响：是否因当庭提交证据导致辩护人无法充分行使质证权，或者影响了案件事实的认定。
• 辩护人的救济途径：辩护人是否通过其他方式（如申请延期审理、补充质证等）有效行使了质证权。

若公诉人当庭提交证据的行为严重违反了法定程序，且影响了案件的公正审理，法院可能会认定该行为为程序违法，并据此作出相应的裁判。

4. 实务建议

• 对于公诉人：应尽可能在举证期限内提交证据，并提前告知辩护人，以确保程序的合法性和公正性。
• 对于辩护人：若认为公诉人当庭提交证据的行为违反了法定程序，应及时提出异议，并申请法院给予充分的质证时间或采取其他救济措施。
• 对于法院：应严格审查公诉人当庭提交证据的行为是否符合法定程序，并确保辩护人能够充分行使质证权，以维护案件的公正审理。

如有具体案件或更详细的情境描述，欢迎直接向我咨询，我将结合具体情况为你提供更专业的法律意见。