结论：关于上了三个月班赔偿是否算一年以及赔偿是按每月平均工资还是底薪计算的问题，需分情况讨论。一般来说，赔偿年限的计算并非简单地将三个月折算为一年，而是依据实际工作年限；赔偿的计算基数则通常是劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资，而非底薪。
分析如下：
一、赔偿年限的计算
经济补偿金年限计算：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，经济补偿金按劳动者在本单位工作的年限计算，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
- 因此，上了三个月班，在计算经济补偿金时，通常按半个月工资的标准支付，而非折算为一年。
特殊情况下的赔偿年限：
- 在某些特殊情况下，如用人单位违法解除劳动合同，劳动者可能要求支付赔偿金，赔偿金的标准是经济补偿金的两倍。但即便如此，赔偿年限的计算依然基于实际工作年限，不会将三个月折算为一年。
二、赔偿的计算基数
平均工资作为计算基数：
- 根据法律规定，经济补偿金的月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。这包括基本工资、奖金、津贴、补贴等所有货币性收入。
- 因此，在计算赔偿时，应以劳动者实际获得的平均工资为基数，而非仅以底薪为基数。
底薪作为计算基数的误区：
- 底薪只是劳动者工资的一部分，通常不包括奖金、津贴等额外收入。如果仅以底薪为基数计算赔偿，将可能损害劳动者的合法权益。
- 劳动者在签订劳动合同时，应明确了解自己的工资构成，并在发生劳动争议时，能够提供充分的证据证明自己的实际工资水平。
三、实际操作建议
保留证据：
- 劳动者在工作期间应保留好工资条、银行转账记录等证据，以证明自己的实际工资水平。
及时维权：
- 如果发生劳动争议，如用人单位违法解除劳动合同或未按时支付经济补偿金等，劳动者应及时向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。
咨询专业律师：
- 在处理劳动争议时，由于法律条款复杂且可能涉及多个方面的权益保护，建议劳动者咨询专业律师以获取更准确的法律建议和帮助。不过，您现在就可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律指导。