核心前提：原部门签订的买卖合同权利义务转入新公司，但新公司现已倒闭，需处理合同后续事宜。
结论前置：需根据合同转移方式、新公司破产程序及合同履行情况，分步骤主张权利或承担义务。具体处理方向如下：

1. 确认合同权利义务是否合法转移

   • 若原部门与新公司通过书面协议（如资产转让协议、债权债务概括承受协议）明确约定买卖合同的权利义务由新公司承继，且已通知合同相对方（如买方/卖方），则新公司倒闭后，合同相对方有权依据《民法典》第553条，要求原部门或新公司的破产管理人继续履行合同或承担违约责任。
     
   • 关键证据：需提供合同转移协议、通知相对方的凭证（如邮件、签字确认文件）。若无法提供，可能被认定为未有效转移，原部门仍需承担合同责任。
     

2. 新公司破产程序中的权利主张

   • 若新公司已进入破产程序：
     
     • 合同相对方（如买方未收货、卖方未收款）需在破产管理人规定的债权申报期限内申报债权，提供合同、发货单、付款记录等证据，参与破产财产分配。
       
     • 若合同已履行完毕（如买方已付款、卖方已交货），但新公司未支付对价，相对方可申报“普通债权”，按破产财产分配顺序受偿（通常优先级较低）。
       
     • 例外：若合同相对方能证明新公司转移合同系“恶意逃债”（如低价转让资产、未支付合理对价），可依据《企业破产法》第31-33条申请撤销该行为，恢复原部门责任。
       

3. 原部门的潜在责任

   • 若合同未有效转移（如未通知相对方、转移协议无效），或新公司破产管理人拒绝承认合同转移，原部门仍需履行合同义务（如交货、退款）。
     
   • 风险点：原部门可能因新公司倒闭而面临合同相对方的索赔，需提前评估是否需预留资金或资产应对。
     

4. 实务建议

   • 立即行动：联系新公司破产管理人，确认是否承认合同转移，并获取债权申报指南。
     
   • 证据固定：整理合同、转移协议、通知记录、履行凭证（如物流单、发票），避免证据灭失。
     
   • 协商或诉讼：若破产财产分配无法覆盖损失，可与合同相对方协商解决方案（如延期履行、部分赔偿），或依据合同条款起诉原部门/新公司股东（如存在人格混同）。
     

总结：处理核心在于“合同转移是否有效”及“新公司破产程序中的权利定位”。建议优先通过破产管理人主张债权，同时评估原部门是否需承担补充责任。如有具体合同或转移文件，可进一步分析风险点。