针对您提出的“建工案件诉讼时效以结算时间还是最后一笔付款”的问题，这确实是一个涉及法律实务的重要议题。以下是我为您提供的详细解答：
一、基本法律规定
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。这一规定是确定建工案件诉讼时效起算点的基本法律依据。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。
二、建工案件诉讼时效的起算点
合同明确约定付款时间：
- 如果建工合同中明确规定了工程款的支付时间，那么诉讼时效通常从该支付期限届满之日开始计算。这意味着，如果发包人未在约定时间内支付工程款，承包人应在知道或应当知道权利受损之日起三年内提起诉讼。
合同未明确约定付款时间：
- 在合同未明确约定付款时间的情况下，诉讼时效的起算点可能因工程实际情况而异。一般来说，如果工程已经竣工验收或提交了结算文件，且发包人未在合理期限内支付工程款，那么诉讼时效可能从工程竣工验收之日或提交结算文件之日起算。
- 需要注意的是，如果工程款是分期支付的，且每一期的支付期限是独立的，那么针对某一期未按时支付的款项，诉讼时效可能从该期支付期限届满之日起单独计算。
权利人知道或应当知道权利受损之日：
- 如果工程款未按时支付，且承包人在合理期限内应当知道其权利已受损（例如，发包人明确表示拒绝支付或长期拖欠），那么诉讼时效从承包人知道或应当知道权利受损之日起算。
三、不能单纯以最后一笔付款或结算时间为起算点
- 在建工案件中，不能单纯以最后一笔付款或结算时间为诉讼时效的起算点。因为工程款的支付可能涉及多个阶段和多个付款节点，且合同中可能对付款时间有明确约定。因此，需要综合合同约定和工程实际情况来判断诉讼时效的起算点。
四、实际案例中的考量因素
在实际案例中，法院会综合考虑多种因素来确定建工案件诉讼时效的起算点，包括但不限于：
- 合同的具体约定；
- 工程款的支付方式和进度；
- 双方当事人的行为表现（如是否提出过异议、是否进行过协商等）；
- 相关证据材料（如验收报告、结算单、催款通知等）。
五、建议
- 对于承包人而言，建议在合同中明确约定工程款的支付时间和方式，并保留好相关证据材料（如验收报告、结算单、催款通知等），以便在发生纠纷时能够及时维护自己的权益。
- 如果发生纠纷，建议及时咨询专业律师，了解自己的权利和义务，并在诉讼时效期间内提起诉讼或采取其他法律措施。
综上所述，建工案件诉讼时效的起算点并非单纯以结算时间或最后一笔付款为准，而是需要综合合同约定和工程实际情况来判断。希望以上解答能够对您有所帮助。