行政诉讼中，行政机关在二审阶段才提交规范性文件，这一行为本身并不直接决定其合法性，但可能涉及程序正当性和证据提交时效性的问题，需结合具体情况分析。以下从不同角度为您详细解析：

1. 程序正当性角度

• 一般原则：在行政诉讼中，行政机关作为被告，应当遵循法定程序，及时、全面地提交证据和依据。这包括在答辩期内提交答辩状及证据材料，以及在庭审过程中根据法庭要求补充证据。
• 二审提交规范性文件：若行政机关在二审阶段才提交规范性文件，首先需审查该文件是否属于一审中因客观原因无法提交的新证据。根据《行政诉讼法》及相关司法解释，若该文件确实属于一审后新发现的证据或因客观原因一审时未能提交，且对案件处理有重大影响，行政机关可以在二审中提交，但需向法庭说明理由。
• 程序瑕疵风险：若行政机关无正当理由在二审阶段才提交规范性文件，可能构成程序瑕疵，影响证据的采信和案件的公正审理。法庭有权根据具体情况决定是否接受该证据，并可能因此对行政机关的诉讼行为提出批评或采取相应措施。

2. 证据提交时效性角度

• 证据提交期限：在行政诉讼中，证据的提交有明确的期限要求。行政机关应当在答辩期内提交答辩状及证据材料，逾期提交的证据，除非符合法定例外情形，否则可能不被法庭采纳。
• 二审提交的影响：若行政机关在二审阶段提交的规范性文件未在一审中提交，且无法证明存在法定例外情形（如新发现的证据、因客观原因一审时未能提交等），则该证据可能因超过提交期限而不被法庭采纳。这可能导致行政机关在诉讼中处于不利地位，甚至影响案件的最终判决。

3. 法律建议与后果

• 对行政机关的建议：行政机关在行政诉讼中应严格遵守法定程序，及时、全面地提交证据和依据。若需在二审阶段提交规范性文件，应提前向法庭说明理由，并尽可能提供证据证明该文件属于一审中因客观原因无法提交的新证据。
• 对当事人的影响：对于原告而言，若行政机关在二审阶段提交规范性文件，且该文件对案件处理有重大影响，原告有权提出异议，并要求法庭对该证据进行审查。若法庭采纳该证据，可能对原告的权益产生不利影响。因此，原告应密切关注行政机关的证据提交情况，并及时提出自己的意见和主张。
• 可能的法律后果：若行政机关无正当理由在二审阶段才提交规范性文件，且该文件被法庭认定为无效证据，则行政机关可能因此承担不利的诉讼后果，包括但不限于案件败诉、行政行为被撤销或确认违法等。

总结来说，行政机关在二审阶段提交规范性文件需谨慎对待。若该文件属于一审中因客观原因无法提交的新证据，且对案件处理有重大影响，行政机关可以在二审中提交并说明理由；否则，可能因程序瑕疵或证据提交时效性问题而影响案件的公正审理和最终判决。因此，建议您在遇到类似情况时，及时咨询专业律师以获取更具体的法律建议。