针对您提出的“怀孕员工违反公司制度怎么处理”这一问题，我们需要从法律框架和实际操作两个层面进行详细解答。

法律框架层面

首先，根据《女职工劳动保护特别规定》第五条，用人单位不得因女职工怀孕、生育、哺乳而降低其工资、予以辞退、与其解除劳动或者聘用合同。这一规定明确保护了孕期女职工的劳动权益，防止因怀孕而受到不公平的待遇。

然而，法律也并非绝对禁止用人单位解雇怀孕女职工。如果怀孕女职工存在《劳动合同法》第三十九条规定的情形，如严重违反用人单位的规章制度、严重失职或营私舞弊给用人单位造成重大损害等，用人单位是可以依法解除劳动合同的。

实际操作层面

1. 核实违规事实：

   • 在处理怀孕员工违反公司制度的问题时，用人单位首先需要核实违规事实是否确实存在，以及违规的严重程度。
   • 这一过程应当公正、透明，确保不因员工怀孕而对其违规行为进行过度解读或忽视。

2. 评估影响：

   • 评估违规行为对用人单位造成的实际影响，包括经济损失、声誉损害等。
   • 如果违规行为轻微且未造成实质性损害，用人单位可以考虑采取警告、教育等非解雇措施。

3. 依法处理：

   • 如果怀孕员工的违规行为确实严重，且符合《劳动合同法》第三十九条规定的解雇条件，用人单位可以依法解除劳动合同。
   • 但在此过程中，用人单位必须确保解雇决定是基于合法、合理的理由，并且遵循了正当的程序。

4. 考虑特殊情况：

   • 对于怀孕员工，用人单位在处理违规行为时应当更加谨慎和人性化。
   • 如果可能，用人单位可以尝试与怀孕员工进行沟通，了解其违规行为的背后原因，并寻求双方都能接受的解决方案。

5. 准备应对法律风险：

   • 在解雇怀孕员工之前，用人单位应当咨询专业法律人士，确保解雇决定不会引发法律纠纷。
   • 如果解雇决定被认定为违法，用人单位可能需要承担孕期、产期、哺乳期工资和生育津贴等赔偿责任，以及支付违法解除劳动合同的赔偿金。

总结与建议

综上所述，处理怀孕员工违反公司制度的问题需要综合考虑法律框架和实际操作层面。用人单位在处理此类问题时应当保持公正、透明和人性化的态度，确保解雇决定是基于合法、合理的理由，并且遵循了正当的程序。同时，用人单位也应当做好应对法律风险的准备，以避免不必要的法律纠纷和经济损失。