结论前置：在民间借贷案件中，当债务人多次还款且数额不等时，衡量其自愿偿还的自然利息金额，需结合还款时间、金额、借款合同约定及法律规定综合判断。以下是具体分析：

1. 明确借款合同中的利息约定

• 有约定利息：若借款合同明确约定了利息（如年利率、月利率），且该约定未超过法律保护的利率上限（当前为LPR的4倍），则债务人每次还款中超出本金的金额，可优先认定为偿还利息。例如，借款10万元，年利率15%，每月应还利息1250元，若债务人某月还款5000元，则其中1250元为利息，剩余3750元为本金。
• 无约定利息：若合同未约定利息，或约定不明（如仅写“利息”未写具体数额），则债务人还款应优先冲抵本金。根据《民法典》第六百八十条，自然人之间的借款合同对支付利息没有约定或约定不明确的，视为没有利息。

2. 区分还款性质：本金还是利息

• 时间顺序优先：债务人还款时，若未明确说明是还本金还是利息，通常按“先息后本”原则处理（即先偿还利息，剩余部分冲抵本金）。但需注意，若合同另有约定（如约定“还款先冲本金”），则从其约定。
• 金额匹配：若债务人某次还款金额与按约定利率计算的利息完全一致（如每月固定还1500元利息），可直接认定为偿还利息；若还款金额超出利息部分，超出部分冲抵本金。

3. 法律保护的利率上限

• 超出部分无效：即使债务人自愿偿还高于法律保护的利息（如年利率36%），超出部分也可通过法律程序主张返还或冲抵本金。例如，借款10万元，年利率36%，每月应还利息3000元，但法律仅保护15%的利率（即每月1250元），债务人每月多还的1750元可冲抵本金。
• 自愿偿还不免责：债务人自愿偿还高息后，若以“不知情”或“被迫”为由主张返还，需提供证据（如胁迫、欺诈等）；否则，法院可能认定其为自愿履行，不支持返还。

4. 多次还款的累计计算

• 分段计算：若债务人多次还款，需按每次还款时间、金额分段计算利息和本金。例如，借款10万元，年利率15%，第一个月还5000元（其中1250元利息，3750元本金），剩余本金96250元；第二个月利息按96250元计算（约1203元），若还5000元，则其中1203元为利息，3797元为本金。
• 总额控制：最终偿还的本金+利息总额不得超过“本金+法律保护利息”（即本金×LPR×4倍×时间）。若超出，超出部分无效。

5. 证据留存与举证责任

• 债务人举证：若债务人主张已偿还部分利息，需提供还款凭证（如转账记录、收条等），并注明还款性质（如“还利息”）。若未注明，可能被认定为还本金。
• 债权人配合：债权人应妥善保管借款合同、还款记录等证据，避免因证据缺失导致利息计算争议。

总结：衡量债务人自愿偿还的自然利息金额，需以合同约定为基础，结合还款时间、金额、法律保护利率上限综合判断。若涉及复杂情况（如多次还款、高息争议），建议整理还款记录、合同文本等证据，通过法律程序明确利息与本金的分配。如有具体案件，可直接向我咨询，我会结合细节进一步分析。