针对您提出的“单位限制员工开假条的医院怎么处理”这一问题，我们需要从法律和单位规定两个层面来进行分析和解答。
首先，从法律层面来看，医师法和医疗机构管理条例对出具医学证明文件有明确的规定。医师在实施医疗、预防、保健措施，并签署有关医学证明文件时，必须亲自诊查、调查，并按照规定及时填写病历等医学文书。医疗机构也不得未经医师亲自诊查病人就出具疾病诊断书等证明文件。如果医生或医疗机构违反这些规定，出具虚假的医学证明文件，将会受到法律的制裁，包括警告、罚款、暂停执业活动甚至吊销医师执业证书等处罚。
接下来，我们针对单位限制员工开假条的医院这一具体情况进行分析。单位限制员工开假条的医院，可能是出于对员工健康管理的考虑，也可能是为了防止员工滥用病假。然而，这种限制必须建立在合法合规的基础上。如果单位要求员工必须在指定的医院开具假条，而该医院并未按照法律规定亲自诊查员工就出具假条，那么这种行为就是违法的。
针对这种情况，您可以采取以下措施：
与单位沟通：首先，您可以与单位的人力资源部门或相关负责人进行沟通，了解单位限制医院的具体原因和依据。如果单位的限制违反了法律规定，您可以向单位提出异议，并要求单位改正。
了解法律规定：您可以查阅相关的法律法规，如医师法和医疗机构管理条例，了解医生出具医学证明文件的法律规定。这样，您在与单位沟通时，可以更有依据地表达自己的观点。
寻求法律援助：如果单位坚持其违法的限制，并且拒绝改正，您可以考虑寻求法律援助。您可以咨询律师，了解自己的权益和可行的法律途径，如向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁等。
保护个人权益：在处理这个问题时，您也要注意保护自己的个人权益。不要因为单位的限制而违反法律规定去开具假条，这样可能会给自己带来不必要的法律风险。
综上所述，单位限制员工开假条的医院必须建立在合法合规的基础上。如果单位的限制违反了法律规定，您可以通过与单位沟通、了解法律规定、寻求法律援助等方式来维护自己的权益。