当工伤认定决定作出后，用人单位在复议阶段主张劳动合同无效时，复议案件的处理需要遵循一定的法律程序和原则。以下是对此问题的详细解答：
一、复议期间工伤认定决定的执行
首先，需要明确的是，在复议期间，工伤认定决定并不会因为用人单位的复议申请而停止执行。这意味着，如果工伤职工已经依据工伤认定决定享受了相关的工伤待遇，那么在复议期间，这些待遇的享受不会受到影响。
二、用人单位主张劳动合同无效的处理
复议机关的审查范围：
- 复议机关在审查工伤认定决定时，会全面审查工伤认定的事实、证据和程序等方面。如果用人单位主张劳动合同无效，复议机关会对此进行审查，但这一审查并不直接决定劳动合同的效力，而是作为工伤认定事实的一部分进行考量。
劳动合同效力的认定：
- 劳动合同的效力问题通常不属于工伤认定复议的直接审查范围。如果用人单位认为劳动合同无效，这通常需要通过劳动争议仲裁或诉讼程序来解决。在复议阶段，复议机关主要关注的是工伤事实是否成立，以及工伤认定程序是否合法。
对工伤认定的影响：
- 即使劳动合同被认定无效，这并不意味着工伤事实就不存在。工伤认定的核心是职工是否因工作原因受到事故伤害或患职业病。因此，即使劳动合同无效，只要工伤事实成立，工伤认定决定仍然可能被维持。
三、工伤职工的应对措施
准备证据材料：
- 工伤职工应积极准备各类能证明工伤事实的材料，如医疗诊断证明、事故现场证人证言等。这些材料在复议过程中至关重要，能够支持工伤认定结果。
配合复议程序：
- 工伤职工应积极配合复议机关的调查和询问工作，如实反映情况。这有助于复议机关全面、客观地审查工伤认定决定。
关注复议结果：
- 工伤职工应密切关注复议结果。如果复议维持原工伤认定决定，而用人单位不履行赔偿责任，工伤职工可以通过劳动仲裁或诉讼等途径要求用人单位支付工伤待遇。
- 如果复议结果改变了原工伤认定决定，且工伤职工认为这一改变不合理，可以向法院提起行政诉讼，通过法律途径维护自己的合法权益。
四、特殊情况的处理
- 如果用人单位在复议阶段提出的劳动合同无效主张与工伤认定事实直接相关，且可能影响工伤认定的结果，复议机关可能会要求双方提供进一步的证据或进行更深入的审查。在这种情况下，工伤职工应特别注意准备相关证据，以支持自己的主张。
综上所述，当工伤认定决定作出后，用人单位在复议阶段主张劳动合同无效时，复议机关会全面审查工伤认定的事实、证据和程序等方面。工伤职工应积极准备证据材料、配合复议程序，并关注复议结果。如果复议结果对自己不利，可以通过法律途径维护自己的合法权益。