结论：员工做一休一，在31号休息的情况下，是否扣工资需根据具体的工作安排、劳动合同约定以及相关法律法规来判断，一般情况下，若31号为正常休息日且未安排工作，则不应扣工资。
分析说明
劳动合同与规章制度：
- 首先，需要查看员工的劳动合同以及公司的规章制度。劳动合同中通常会明确员工的工作时间、休息休假以及工资支付等条款。如果合同中规定做一休一，且31号为正常休息日，那么员工在31号休息是符合合同约定的，公司不应因此扣工资。
- 同时，公司的规章制度也可能对员工的工资支付有具体规定。如果规章制度中明确规定了做一休一制度下，休息日不扣工资，那么员工在31号休息时，公司同样不应扣工资。
法律法规：
- 根据《劳动法》的相关规定，用人单位应当保证劳动者每周至少休息一日。在做一休一的制度下，员工每周已经至少休息了一日，因此31号作为正常休息日，员工有权享受休息而不被扣工资。
- 另外，如果31号被安排为工作日（例如因特殊原因需要调整工作安排），但员工因故未能上班，且未经过公司同意或未按照公司规定办理请假手续，那么公司可能会根据规章制度扣除相应的工资。但这种情况并不属于“做一休一”制度下的正常休息。
特殊情况：
- 如果31号恰逢法定节假日（如春节、国庆等），且员工按照公司规定享受了法定节假日的休息，那么公司同样不应扣工资。因为法定节假日是员工依法应享受的休息日，与做一休一的制度无关。
- 如果员工在做一休一的制度下，因个人原因（如病假、事假等）需要额外休息，且未按照公司规定办理请假手续或未提供相应的证明材料，那么公司可能会根据规章制度扣除相应的工资。但这种情况同样不属于“做一休一”制度下的正常休息。
行动建议
- 查看劳动合同与规章制度：员工应首先查看自己的劳动合同以及公司的规章制度，了解做一休一制度下的具体规定以及工资支付条款。
- 与公司沟通：如果员工对31号休息是否扣工资有疑问，可以与公司的人力资源部门或直接上级进行沟通，了解公司的具体规定和操作流程。
- 保留证据：如果员工认为公司扣除了不应扣除的工资，可以保留相关的证据（如工资条、考勤记录等），以便在必要时维护自己的合法权益。