结论前置：法院在处理有“逾期还款按千分之三日计付违约金至还清之日止”约定的欠条结算时，会从合同效力、违约金合理性、实际损失与违约金关系、当事人请求调整情况等多个角度进行审查，并据此作出相应处理。

1. 合同效力审查：

   • 法院首先会审查欠条中的违约金条款是否合法有效。根据《民法典》的相关规定，合同中的违约金条款只要不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，即应认定为有效。因此，如果欠条中的违约金条款符合这些条件，法院会认可其效力。

2. 违约金合理性审查：

   • 法院会审查约定的千分之三日违约金是否过高或过低。根据《民法典》第五百八十五条，约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。因此，法院会结合借款金额、逾期时间、借款人过错程度以及出借人实际损失等因素，综合判断违约金是否合理。

3. 实际损失与违约金关系：

   • 法院在审查违约金时，会考虑出借人的实际损失。如果出借人能够证明其因借款人逾期还款而遭受了实际损失（如利息损失、催收费用等），并且这些损失与约定的违约金相当或低于违约金，那么法院可能会支持出借人按照约定收取违约金。反之，如果出借人无法证明其实际损失，或者实际损失远低于约定的违约金，法院可能会根据实际情况调整违约金数额。

4. 当事人请求调整情况：

   • 如果借款人认为约定的违约金过高，可以向法院提出调整请求。法院在收到此类请求后，会进行审查并作出决定。如果法院认为借款人提出的调整请求合理，可能会根据实际情况降低违约金数额。同样，如果出借人认为约定的违约金过低，无法弥补其实际损失，也可以向法院提出增加违约金的请求，但需要提供充分的证据证明其实际损失。

5. 判决与执行：

   • 经过审查后，法院会作出判决，明确借款人应支付的违约金数额及支付方式。如果借款人未按判决指定的期间履行给付金钱义务，出借人可以申请法院强制执行。在执行过程中，法院会采取必要的措施确保判决得到履行。

总结与建议：在处理有约定逾期还款违约金的欠条结算时，法院会综合考虑多个因素来作出公正合理的判决。如果您作为出借人或借款人遇到此类问题，建议及时收集相关证据并咨询专业律师（即我本人），以便更好地维护自己的合法权益。