三轮车非法载客运营确实适用于道路运输管理条例。以下是对这一问题的详细分析：

1. 法规依据：

   • 根据《中华人民共和国道路交通安全法》及其实施条例，以及地方性的道路运输管理条例（如《重庆市道路运输管理条例》），均明确规定了对三轮车等非法载客运营行为的管理和处罚措施。
   • 具体到重庆市万州区分水镇人民政府的通告，也明确指出了严禁利用三轮车从事客运经营行为，并规定了相应的处罚措施。

2. 违规性质：

   • 三轮车通常未取得合法的营运资质，如道路运输经营许可证、客运车辆营运证等，因此从事载客营利活动属于非法营运行为。
   • 三轮车的设计和安全性能往往难以达到客运车辆的专业标准，存在安全隐患，无法充分保障乘客的安全。

3. 处罚措施：

   • 根据相关法规，对于三轮车非法载客运营的行为，交通运输管理部门将依法进行处罚，包括没收违法所得、处以罚款等。
   • 在某些情况下，还可能涉及其他违法行为（如无证驾驶、醉酒驾驶等），将依据相关法规进行更严厉的处罚。

4. 特殊情况：

   • 虽然大多数情况下三轮车载客是违规的，但在某些特定区域或条件下，当地政府可能会根据实际情况出台特殊规定，允许特定类型的三轮车在一定范围内从事载客经营活动。但这种允许通常有严格的条件限制，并需要遵守特定的管理规定和安全要求。

综上所述，三轮车非法载客运营确实适用于道路运输管理条例，并且会受到相应的法律处罚。因此，建议广大居民和驾驶员自觉遵守交通法规，不从事非法载客运营活动，以确保道路交通安全和秩序。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。