公司的赔偿协议若违反劳动法规定，您不能因此申请“运费”，但您可以主张赔偿协议无效或部分无效，并依法要求公司进行相应的赔偿。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、赔偿协议违反劳动法的法律后果
协议无效或部分无效：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，如果赔偿协议的内容违反了法律、行政法规的强制性规定，或者存在欺诈、胁迫、乘人之危等情形，导致劳动者在违背真实意思的情况下签订协议，那么该协议将被视为无效或部分无效。
依法要求赔偿：
- 一旦赔偿协议被认定为无效或部分无效，您有权依法要求公司按照劳动法的规定进行赔偿。这包括但不限于工资、加班费、经济补偿金、赔偿金等。
二、关于“运费”的误解
- “运费”与劳动赔偿无关：
- 在劳动纠纷中，“运费”并不是一个常见的法律术语或赔偿项目。您可能对“运费”有所误解，或者将其他领域的概念引入了劳动纠纷中。在劳动纠纷中，您应关注的是与劳动法相关的赔偿项目，如工资、经济补偿金等。
三、您的权利与行动建议
审查赔偿协议：
- 仔细审查赔偿协议的内容，确保其没有违反劳动法的规定。如果发现协议存在违法或不合理之处，应及时与公司沟通协商，要求修改或撤销协议。
收集证据：
- 如果公司拒绝修改或撤销违法协议，您应收集相关证据，如工资单、考勤记录、工作证等，以证明您的权益受到了侵害。
申请劳动仲裁或提起诉讼：
- 如果与公司协商无果，您可以向当地劳动仲裁机构申请劳动仲裁，要求裁决公司按照劳动法的规定进行赔偿。如果对劳动仲裁结果不满，您还可以向法院提起诉讼，维护自己的合法权益。
四、注意事项
及时行动：
- 劳动纠纷的解决有时效性限制，因此您应及时采取行动，避免错过维权时机。
寻求专业帮助：
- 如果您对劳动法不熟悉或处理劳动纠纷感到困难，可以寻求专业律师的帮助。律师可以为您提供法律咨询、代理诉讼等服务，帮助您更好地维护自己的权益。
总结来说，如果公司的赔偿协议违反了劳动法的规定，您不能因此申请“运费”，但您可以主张赔偿协议无效或部分无效，并依法要求公司进行相应的赔偿。在处理此类纠纷时，建议您及时审查协议、收集证据，并在必要时寻求专业律师的帮助。如果您有任何法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。