可以申请支付令，但需满足一定条件。以下是对此问题的详细分析：
申请支付令的条件
债权人与债务人之间没有其他债务纠纷：
- 这意味着在申请支付令时，员工与公司之间只能存在这一笔未支付的赔偿款项，不能有其他如借款、未结货款等债务纠纷。
支付令能够送达债务人：
- 支付令必须能够直接送达给公司，如果公司下落不明或无法通过常规方式送达，则不能申请支付令。
申请支付令的流程
准备申请材料：
- 员工需要准备支付令申请书，明确请求公司支付的赔偿金额、事实和理由，并附上双方签订的赔偿协议作为证据。
向有管辖权的法院提出申请：
法院审查与发出支付令：
- 法院在收到申请后，会进行审查。如果符合支付令的申请条件，法院会在受理之日起十五日内向公司发出支付令。
公司的异议与支付令的效力：
- 如果公司在收到支付令后十五日内没有提出异议，支付令即发生法律效力，公司必须支付赔偿款项。
- 如果公司提出异议，支付令则自行失效，员工需要另行起诉。
注意事项与后续行动
确保赔偿协议的有效性：
- 在申请支付令前，员工应确保双方签订的赔偿协议是合法有效的，没有违反法律法规的强制性规定。
考虑公司的支付能力：
- 如果公司明显没有支付能力，即使申请了支付令，也可能无法实际执行到位。此时，员工可能需要考虑其他执行措施或法律途径。
准备后续诉讼：
- 如果公司提出异议导致支付令失效，员工应及时准备起诉材料，向法院提起诉讼以维护自己的合法权益。
建议：在申请支付令前，员工最好先与公司进行沟通协商，看是否能够达成和解或分期付款等协议。如果协商无果，再考虑申请支付令或提起诉讼。同时，员工在申请支付令或提起诉讼前，应咨询专业律师的意见，以确保自己的权益得到最大程度的保护。如果有任何法律问题，都可以直接向我咨询。