在公司分立并采用特殊性税务处理的情况下，小股东转让股权是合法的。以下是对这一结论的详细解释：
公司分立与特殊性税务处理：
- 公司分立是指一个公司依法分为两个或两个以上的公司。在分立过程中，可能会涉及资产、负债、股权等方面的重新分配。
- 特殊性税务处理通常指的是在符合一定条件下，公司分立可以享受税收上的优惠，如递延纳税或免税等。这些条件可能包括分立后的公司继续保留原公司的业务、股东权益的连续性等。
小股东转让股权的合法性：
- 小股东作为公司的出资人，依法享有转让其持有的公司股权的权利。这一权利是公司法赋予股东的固有权利，不受公司分立或税务处理方式的影响。
- 在公司分立并采用特殊性税务处理的情况下，小股东转让股权并不违反任何法律法规。只要转让过程符合公司章程、股东协议以及相关法律法规的规定，如履行必要的通知、同意程序，并办理股权变更登记等，转让就是有效的。
注意事项：
- 小股东在转让股权时，应确保转让价格合理，避免涉及税收风险。特别是在特殊性税务处理下，股权转让可能涉及复杂的税务问题，建议咨询专业税务机构或律师进行税务筹划。
- 公司分立和股权转让都可能对公司的经营和治理结构产生影响。因此，在进行这些操作前，建议充分评估风险，并与其他股东、管理层以及相关部门进行充分沟通。
综上所述，公司分立并采用特殊性税务处理并不影响小股东转让股权的合法性。但在实际操作中，应关注相关的税务、法律和经营风险，并寻求专业意见以确保操作的合规性和有效性。如果你在这方面有任何具体问题或需要进一步的法律咨询，可以直接向我提问。