签约是和总公司签订，但付款付给子公司，在符合法律规定和合同约定的情况下是合法的。具体分析如下：
一. 合法性分析
- 公司法的相关规定：根据《公司法》第十四条，“公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担”。由此可知，分公司并非独立法人，其民事责任由总公司承担，因此，总公司签订的合同，其付款义务可以由子公司承担，只要这种安排得到总公司和子公司的共识，并且在合同中明确约定。
- 合同自由原则：根据合同法的原则，合同是双方意思表示一致的产物，只要合同内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，合同就是有效的。因此，如果总公司和子公司都同意将款项支付给子公司，并且这种支付安排不会损害合同相对方（即与总公司签订合同的一方）的合法权益，那么这种支付方式就是合法的。
二. 实际操作中的注意事项
- 明确合同约定：在合同中，应明确约定付款方为子公司，以避免后续产生纠纷。
- 确保总公司与子公司共识：总公司与子公司之间应就付款安排达成共识，并确保子公司有能力承担付款义务。
- 考虑税务和财务影响：付款给子公司可能会涉及税务和财务方面的问题，因此在实际操作前应咨询相关专业人士，确保操作的合法性。
我建议：在实际操作中，应确保合同内容的明确性和合法性，同时考虑税务和财务方面的影响。如有进一步需要，您可以继续咨询我。