针对您提出的“施工合同有补充协议时审计价格怎么确定”的问题，这确实是一个涉及合同管理、法律适用及审计实践的复杂议题。以下是我为您提供的详细解答：

一、理解补充协议的法律效力

首先，需要明确的是，补充协议作为原合同的补充或修改，其法律效力是受到法律保护的。根据《民法典》的相关规定，合同成立后，若合同的基础条件发生了当事人在订立合同时无法预见的、不属于商业风险的重大变化，且继续履行合同对当事人一方明显不公平，那么受不利影响的当事人有权与对方重新协商，并可以签订补充协议来变更或解除原合同的部分条款。

二、审计价格的确定原则

在施工合同有补充协议的情况下，审计价格的确定应遵循以下原则：

1. 合规性原则：补充协议的内容必须符合法律法规的规定，不得违反强制性法律规范。审计时，会首先审查补充协议的合法性。

2. 公平性原则：补充协议应体现合同双方的公平交易，避免一方利用优势地位损害另一方的利益。审计时，会评估补充协议是否公平合理地分配了风险和利益。

3. 合理性原则：补充协议中的价格调整应基于合理的理由和充分的证据。例如，材料价格的大幅波动若属于当事人在订立合同时无法预见且不可归责于当事人的客观事实造成的，且继续履行合同对当事人明显不公平，则可以认定为情势变更的情形，并据此进行价格调整。

三、审计价格的确定步骤

1. 审查补充协议的签订程序：

   • 确认补充协议是否经过双方充分协商并达成一致。
   • 检查是否有书面记录（如会议纪要、联系单等）证明协商过程。

2. 评估价格调整的理由和证据：

   • 施工单位应提供充分的证据证明材料价格上涨导致项目成本超支，如市场价格调研报告、成本分析表等。
   • 审计时会评估这些证据的真实性和合理性。

3. 审查补充协议中的风险分担原则：

   • 确认补充协议中是否体现了风险分担的原则，如约定在一定涨价幅度内由施工单位承担，超出部分由业主承担。
   • 评估这种风险分担方式是否公平合理。

4. 参考政府发布的指导文件：

   • 在材料价格涨幅较大时，政府主管部门或行业主管部门可能会发布调价的指导性文件。
   • 审计时会参考这些文件来评估价格调整的合理性。

四、建议与注意事项

1. 完善协商程序：在签订补充协议前，应确保双方通过正式渠道进行充分协商，并留下书面记录。

2. 准备充分证据：施工单位应提前准备充分的证据来支持价格调整的理由，如市场价格数据、成本分析等。

3. 体现风险分担：在补充协议中明确风险分担的原则，以体现公平性和合理性。

4. 关注政府指导：密切关注政府主管部门或行业主管部门发布的调价指导性文件，以便在审计时提供有力参考。

综上所述，施工合同有补充协议时审计价格的确定是一个复杂而细致的过程，需要合同双方遵循合规性、公平性和合理性原则，并准备充分的证据来支持价格调整的理由。希望以上解答能对您有所帮助。