在施工合同及补充协议都被认定无效的情况下，通常应按照施工合同计价而非补充协议计价，这主要基于以下几个方面的法律逻辑和实务考量：

1. 合同无效后的法律后果与计价依据

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，无效的合同自始没有法律约束力。这意味着，无论是施工合同还是补充协议，一旦被认定无效，它们都不再具有法律上的效力，不能作为双方权利义务的直接依据。
   • 然而，在合同无效后，如果工程已经实际施工完成或部分完成，为了公平合理地解决双方之间的纠纷，法律通常会规定按照实际完成的工程量，并参照合同约定的计价方式或市场价格进行结算。这里所说的“合同约定”，在存在主合同（施工合同）和补充协议的情况下，若两者均无效，但主合同中的计价条款可能因其更为基础、更为明确而被优先考虑。

2. 主合同与补充协议的关系及效力优先性

   • 补充协议通常是对主合同（施工合同）的补充或修改，它依赖于主合同的存在而存在。在主合同和补充协议均无效的情况下，虽然两者都失去了法律约束力，但主合同作为双方最初达成的基础协议，其计价条款可能更贴近双方最初的真实意思表示。
   • 实务中，如果补充协议是对主合同计价方式的重大变更，且这种变更本身也是导致合同无效的原因之一（如违反了法律法规的强制性规定），那么在合同无效后，更可能倾向于按照主合同的计价方式进行结算，以体现对双方最初真实意思的尊重和公平原则的适用。

3. 公平原则与实际履行情况的考量

   • 在合同无效的情况下，法院或仲裁机构在裁决时，会充分考虑公平原则，确保双方的权利义务得到公平合理的调整。如果按照补充协议计价会导致一方明显不公平或利益失衡，那么法院或仲裁机构可能会倾向于按照施工合同计价。
   • 同时，实际履行情况也是重要的考量因素。如果施工合同已经实际履行了大部分或全部，而补充协议只是对部分条款进行了修改或补充，且这些修改或补充并未实际履行或对工程实际造价影响不大，那么按照施工合同计价可能更为合理。

法律建议：

• 在处理此类纠纷时，建议双方首先尝试通过协商达成一致意见，以节约时间和成本。
• 如果协商不成，可以寻求法律途径解决。在诉讼或仲裁过程中，应充分准备证据材料，包括施工合同、补充协议、实际施工记录、工程量清单、计价依据等，以支持自己的主张。
• 鉴于合同无效后的计价问题可能涉及复杂的法律判断和事实认定，建议咨询专业律师以获取更具体、更专业的法律意见。

可能存在的例外情况：

• 如果补充协议中的计价条款被认定为独立有效（尽管这种情况较为罕见），或者双方能够证明按照补充协议计价更符合公平原则和实际履行情况，那么法院或仲裁机构也可能考虑按照补充协议计价。但这种情况需要严格的法律论证和证据支持。

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