当您提交了工伤申请表但公司不配合调查时，确实会给您带来一些困扰，不过别担心，我们可以采取一系列措施来维护您的合法权益。以下是一些详细的建议：

一、自行收集证据

首先，您需要积极自行收集与工伤相关的证据。这些证据包括但不限于：

• 劳动关系证明：如劳动合同、工资发放记录（银行流水）、工作证、考勤记录等。这些材料能证明您与公司之间存在劳动关系。
• 工伤发生相关证据：包括事故发生的时间、地点、经过的证明材料，如现场照片、视频、证人证言等。特别是工友的证言，如果他们目睹了事故过程，他们的证言将是非常有力的证据。

二、向劳动监察部门投诉

如果公司不配合提供工伤申请所需的资料，您可以向当地的劳动监察部门投诉。劳动监察部门有权力要求公司提供协助工伤认定的相关资料。您可以通过拨打投诉电话或直接到劳动监察部门办公场所进行现场投诉，详细说明公司的违法行为，并提供您已收集的相关证据材料。

三、申请劳动仲裁

如果劳动关系不清晰，或者公司拒绝承认与您的劳动关系，您可以先申请劳动仲裁来确定劳动关系。在仲裁过程中，您需要准备仲裁申请书，详细陈述申请事项、事实和理由，并提交前面收集的劳动关系证明等证据材料。如果仲裁委员会作出裁决支持您的诉求，确认了您与公司的劳动关系，那么您就可以继续申请工伤认定了。

四、自行申请工伤认定

在收集了足够的证据后，即使公司不配合，您也可以自行向劳动保障行政部门提出工伤认定申请。您需要准备好工伤认定申请表、劳动关系证明材料及医疗诊断证明等，按照规定的流程进行申报。劳动部门受理后会进行调查核实，只要您的证据充分，依然可以认定工伤。

五、后续赔偿事宜

一旦工伤认定成功，您可以凭借工伤认定结论向劳动能力鉴定委员会申请鉴定伤残等级。然后，根据鉴定结果要求公司支付相应的工伤待遇，如医疗费、停工留薪期工资、伤残补助金等。如果公司拒绝支付，您可以通过劳动仲裁或诉讼来解决争议。

六、寻求法律援助或咨询专业律师

在整个过程中，如果您对法律程序或证据收集等方面有疑问，可以寻求法律援助或咨询专业律师。他们可以根据您的具体情况提供专业的法律建议和解决方案，帮助您更好地维护自己的权益。

总之，面对公司不配合调查的情况，您需要保持冷静，积极收集证据，并通过合法途径来维护自己的权益。希望这些建议能对您有所帮助。