当监理公司被扣分，特别是因被标注“资质异常”而在标注期间扣除20分信用综合评价分时，可以按照以下步骤来处理：

一、了解扣分原因

首先，需要明确扣分的具体原因。根据福州市住房和城乡建设局的相关通知，监理公司被扣分通常与资质动态核查有关，可能涉及工程质量安全责任事故、违法违规行为、人员挂证、资质申请弄虚作假等问题。了解扣分原因后，才能有针对性地采取措施。

二、进行内部自查与整改

1. 自查：公司应组织内部自查，核实是否存在通知中提到的违法违规行为或其他问题。
2. 整改：针对自查中发现的问题，制定详细的整改计划，并明确整改责任人和整改时限。确保在规定的整改期限内（通常为3个月）完成整改。

三、与主管部门沟通

1. 了解整改要求：与当地住房和城乡建设主管部门沟通，了解具体的整改要求和标准。
2. 提交整改报告：在整改期限内，向主管部门提交整改报告，说明整改情况、整改措施和整改结果。
3. 申请复核：整改完成后，向主管部门申请复核。经审批部门复核合格的，主管部门将在信息公开平台上撤回“资质异常”标识。

四、关注信用综合评价分恢复

1. 了解扣分影响：被标注“资质异常”并在标注期间扣除20分信用综合评价分，会对公司的信用评级和业务承接产生负面影响。
2. 积极恢复信用：通过加强内部管理、提高工程质量和服务水平等方式，积极恢复公司的信用评级。同时，关注主管部门发布的信用综合评价办法和标准，确保公司符合相关要求。

五、加强后续管理

1. 完善管理制度：建立健全公司管理制度，加强人员培训和管理，确保公司资质和人员证书符合相关要求。
2. 定期自查：定期组织内部自查，及时发现并纠正存在的问题，防止类似情况再次发生。
3. 关注政策动态：密切关注住房和城乡建设主管部门发布的政策动态和通知要求，确保公司始终符合相关法规和标准。

六、法律途径（如适用）

如果认为扣分决定存在错误或不合理之处，且通过沟通无法解决，可以考虑通过法律途径来维护公司的合法权益。这包括但不限于申请行政复议或提起行政诉讼等。

总之，当监理公司被扣分时，应首先了解扣分原因，然后进行内部自查与整改，并与主管部门沟通申请复核。同时，关注信用综合评价分的恢复和加强后续管理，以确保公司始终符合相关法规和标准。