若因重大事故导致监理费用被扣，首先需明确扣费的原因及依据，再针对性地采取应对措施。以下从不同角度进行分析：
一、扣费原因及合法性审查
合同条款审查：
- 审查监理合同：首先，应详细审查与业主或建设单位签订的监理合同，确认合同中是否有关于因重大事故导致费用扣除的明确条款。
- 条款合法性：若合同中有相关条款，需进一步审查该条款是否违反法律法规的强制性规定，如是否显失公平、是否免除或减轻了合同一方的法定责任等。
事故责任认定：
- 事故责任划分：明确重大事故的责任划分，确定监理单位在事故中是否负有责任，以及责任的大小。
- 责任与扣费关联：若监理单位在事故中无责任或责任较小，则业主或建设单位无权或不应全额扣除监理费用。
二、应对措施
协商解决：
- 沟通协商：与业主或建设单位进行沟通，说明监理单位在事故中的责任情况，以及扣费的不合理性，尝试通过协商解决争议。
- 达成一致：若双方能达成一致意见，可签订补充协议，明确扣费的具体金额、方式及后续合作事宜。
法律途径：
- 发送律师函：若协商无果，可委托律师向业主或建设单位发送律师函，明确指出扣费行为的不合法性，并要求其停止侵权行为、恢复原状或赔偿损失。
- 提起诉讼或仲裁：若律师函未能解决问题，监理单位可根据合同约定或法律规定，选择向法院提起诉讼或向仲裁机构申请仲裁，要求确认扣费行为无效并赔偿损失。
三、法律后果及风险提示
法律后果：
- 扣费无效：若经审查，扣费行为违反法律法规或合同约定，则该扣费行为可能被认定为无效，监理单位有权要求返还被扣费用。
- 赔偿损失：若扣费行为给监理单位造成损失，监理单位还有权要求业主或建设单位赔偿相应损失。
风险提示：
- 证据保留：在应对扣费争议过程中，监理单位应妥善保留相关证据，如合同、事故报告、责任认定书、沟通记录等，以备后续法律程序使用。
- 及时行动：一旦发现扣费行为，监理单位应及时采取行动，避免因拖延而丧失维权时机或增加维权成本。
针对您的情况，建议首先详细审查监理合同及事故责任认定情况，再与业主或建设单位进行沟通协商。若协商无果，可考虑通过法律途径解决争议。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。