核心结论：在工程造价司法鉴定中，针对不符合合同约定的设计变更出具意见，需结合合同条款、变更事实及法律规定，从合法性、合理性、责任划分三个维度综合分析并形成专业鉴定意见。以下是具体分析方向及操作要点：

1. 明确合同约定与设计变更的冲突点

• 合同条款审查：首先需核对施工合同中关于设计变更的条款（如变更程序、审批权限、费用调整规则等），确认变更是否违反合同明确约定（如未履行书面变更手续、超出合同约定的变更范围等）。
• 事实固定：通过施工图纸、变更通知单、会议纪要等证据，固定设计变更的具体内容（如变更部位、材料规格、工程量变化等），并与合同约定进行对比，明确差异点。
• 法律定性：若变更未履行合同约定的程序（如未经发包方书面确认），可依据《民法典》第543条（合同变更需协商一致）认定变更无效，或依据第577条（违约责任）划分责任。

2. 区分变更的合法性与合理性

• 合法性判断：若变更因发包方单方指令或未履行审批程序导致，可能构成违约，鉴定意见需明确“变更不符合合同约定，相关费用不应纳入结算”。
• 合理性分析：即使变更程序违法，若实际施工已发生且不可逆（如已浇筑混凝土），需结合《建设工程工程量清单计价规范》及行业惯例，评估变更部分的合理成本（如材料费、人工费），并在意见中注明“虽程序违法，但实际成本可据实计算，但超出合同约定范围的部分不予支持”。

3. 责任划分与费用调整建议

• 发包方责任：若变更因发包方原因导致（如设计错误、功能调整），且未履行合同程序，鉴定意见可建议“发包方承担变更部分的全部费用，并赔偿承包方因变更导致的损失（如窝工费、机械闲置费）”。
• 承包方责任：若承包方擅自变更设计（如未报批即施工），鉴定意见需明确“承包方承担违规变更责任，相关费用不予计入，并可能承担返工费用”。
• 共同责任：若双方均有过错（如发包方口头同意但未书面确认，承包方未催告），可按过错比例分摊费用（如发包方70%、承包方30%）。

4. 出具鉴定意见的格式与内容要求

• 意见结构：应包括“鉴定依据”（合同条款、法律法规）、“争议事实”（变更内容与合同差异）、“分析过程”（合法性、合理性、责任划分）、“鉴定结论”（费用是否计入、责任比例）四部分。
• 法律依据引用：需明确引用《民法典》合同编、《建设工程质量管理条例》及地方造价计价规定，增强意见权威性。
• 风险提示：若案件涉及诉讼，需在意见中注明“本意见仅供司法裁判参考，最终责任以法院判决为准”。

示例意见片段：
“经鉴定，案涉设计变更未履行合同第X条约定的书面审批程序，属于发包方单方变更，违反合同约定。根据《民法典》第577条，发包方应承担违约责任。但考虑到变更部分已实际施工且不可逆，依据《XX省建设工程计价办法》第X条，合理成本为XX元，建议纳入结算；超出合同约定范围的部分（如高档材料替换）共计XX元，不予支持。最终责任比例为发包方80%、承包方20%（因承包方未及时提出异议）。”

如有具体案件细节或合同条款需进一步分析，可直接向我提供材料，我将结合实务经验为您细化意见。