针对您提出的“公司报案员工职务侵占200万后存疑不起诉怎样维权”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，当公司发现员工存在职务侵占行为并已经向公安机关报案，但最终因证据不足或其他原因存疑不起诉时，公司仍然可以采取一系列措施来维护自身权益。

一、收集并固定证据

1. 深入调查：公司应进一步深入调查，收集更多能证明员工职务侵占事实和数额的证据。这些证据可以包括但不限于账目记录、交易文件、聊天记录、邮件往来、监控录像等。
2. 证据保全：在收集到证据后，公司应妥善保管，防止证据丢失或被篡改。必要时，可以请专业机构对证据进行保全，如公证处进行证据公证。

二、内部处理

1. 向公司监察部门或上级领导反映：如果公司内部设有监察部门或相关上级领导，公司应首先向他们反映情况，要求他们进行调查并给出处理意见。
2. 制定内部规章制度：公司可以借此机会完善内部规章制度，明确职务侵占行为的定义、处罚措施等，以预防类似事件再次发生。

三、法律途径

1. 再次报案：如果公司认为有新的证据或线索能够证明员工的职务侵占行为，可以向公安机关再次报案，要求重新侦查。
2. 民事诉讼：即使刑事报案存疑不起诉，公司仍然可以通过民事诉讼的方式要求员工返还侵占的财产并赔偿损失。在民事诉讼中，公司需要提供充分的证据来证明员工的侵占行为以及因此造成的损失。
3. 申请仲裁：如果公司与员工之间有仲裁协议，公司也可以向仲裁机构申请仲裁，要求员工承担相应的法律责任。

四、注意事项

1. 保护自身安全：在维权过程中，公司应注意保护自身安全，避免与员工发生直接冲突。
2. 配合相关部门工作：无论是向公安机关报案还是进行民事诉讼，公司都应积极配合相关部门的工作，提供必要的协助和支持。
3. 依据实际情况选择途径：公司应根据实际情况选择合适的维权途径，不要盲目跟风或采取过激行为。

综上所述，当公司报案员工职务侵占200万后存疑不起诉时，公司可以通过收集并固定证据、内部处理、法律途径等多种方式来维护自身权益。希望这些建议能对您有所帮助。