针对您提出的“投标工程量清单与招标工程量清单不符，已签合同怎么结算”的问题，这是一个涉及建设工程合同法律与实务的复杂问题。以下是我为您提供的详细解答：

一、合同效力判断

首先，我们需要判断所签订的建设工程合同是否有效。根据《招标投标法》和《合同法》的相关规定，如果合同存在法定无效情形（如违反法律、行政法规的强制性规定，恶意串通损害国家、集体或第三人利益等），则合同无效。若合同无效，但建设工程已实施且经竣工验收合格，承包人仍有权请求参照合同约定支付工程价款。

二、合同变更或撤销的可能性

如果合同中的工程量清单与招标文件的工程量清单存在不一致，且招标人能提出合法有效证据证明合同中的工程量清单存在重大误解或违背了真实意思，那么根据《合同法》第五十四条，当事人一方有权请求人民法院或者仲裁机构变更或撤销合同。但这种情况在实践中较为少见。

• 若合同已变更：工程结算应按变更后的合同执行。
• 若合同未变更或撤销：则按原合同结算。
• 若合同已撤销：则参照原合同结算条款执行，但需注意，撤销合同后，双方可能需就已实施部分进行清算，并承担相应责任。

三、有效合同的结算原则

在合同有效的情况下，结算应遵循以下原则：

1. 合同优先原则：根据《建筑法》和《合同法》的规定，建设工程合同是承包人进行工程建设，发包人支付价款的合同。因此，在结算时，应首先依据合同文件进行。

2. 招标文件非合同文件：需要注意的是，招标文件通常不是合同文件的构成部分。发改委和住房城乡建设部发布的标准施工招标文件和标准工程施工合同中，已明确这一点。因此，“合同中工程量清单与招标文件中工程量清单不一致”并不构成合同争议的直接原因，除非招标人能提出合法有效证据证明合同中的工程量清单存在重大误解或违背了真实意思。

3. 争议解决条款：如果发包人坚持认为合同中的工程量清单与招标文件不一致，并构成合同争议，那么应依据合同中的争议解决条款进行仲裁或诉讼。在仲裁或诉讼过程中，仲裁机构或法院将主要依据合同文件进行裁决，而把招标文件排除在外。

四、实务建议

1. 仔细审查合同：在签订合同前，双方应仔细审查合同条款，确保工程量清单等关键内容准确无误。

2. 及时沟通协商：如果在合同履行过程中发现工程量清单与招标文件不一致，双方应及时沟通协商，寻求解决方案。

3. 保留证据：双方应妥善保留与工程量清单相关的所有证据，以便在发生争议时提供有力支持。

4. 寻求专业帮助：如果争议复杂或难以解决，双方可以寻求专业律师或咨询机构的帮助。

综上所述，当投标工程量清单与招标工程量清单不符且已签合同时，结算应首先依据合同文件进行。如果合同存在无效、可变更或可撤销的情形，则应按照相应法律规定处理。在实务中，双方应仔细审查合同、及时沟通协商、保留证据并寻求专业帮助以妥善解决争议。