在建设工程合同纠纷中，是否将挂靠的公司作为被告，需根据具体情况和法律规定来综合判断。以下是从不同角度进行的分析：
一、挂靠关系的法律性质
挂靠关系通常指的是一个不具备某种资质或条件的主体（挂靠方），通过与具备相应资质或条件的主体（被挂靠方）签订协议，以被挂靠方的名义从事相关活动。在建设工程领域，挂靠行为往往涉及无资质或低资质的企业或个人借用有资质企业的名义承接工程。这种行为违反了建筑市场的准入规定，可能扰乱市场秩序，因此，在法律上，挂靠行为通常是不被认可的，甚至可能构成违法。
二、将挂靠公司作为被告的法律依据
合同相对性原则：
- 一般情况下，合同纠纷应遵循合同相对性原则，即合同纠纷应由合同双方当事人解决。如果挂靠方是以被挂靠方的名义签订合同，且合同上并未明确体现挂靠关系，那么从合同形式上看，被挂靠方是合同的一方当事人。
- 然而，如果挂靠关系在合同履行过程中被揭示，或者挂靠方实际参与了合同的履行，那么挂靠方也可能成为合同纠纷的当事人。
共同侵权或连带责任：
- 如果挂靠方和被挂靠方在合同履行过程中存在共同侵权行为，如共同违约、共同欺诈等，那么根据法律规定，他们可能需要承担连带责任。在这种情况下，将挂靠公司作为被告是合理的。
- 此外，如果被挂靠方对挂靠方的行为存在过错，如明知挂靠方无资质或低资质而仍允许其挂靠，那么被挂靠方也可能需要承担一定的法律责任。
实际施工人权益保护：
- 在建设工程领域，实际施工人（往往是挂靠方）的权益保护是一个重要问题。如果实际施工人因被挂靠方的原因（如拖欠工程款）而遭受损失，那么实际施工人有权向被挂靠方主张权利。在某些情况下，为了更有效地维护实际施工人的权益，法院可能会允许将挂靠公司作为共同被告。
三、实践中的考虑因素
证据收集：
- 在决定是否将挂靠公司作为被告时，证据收集是关键。需要收集能够证明挂靠关系存在的证据，如挂靠协议、资金往来记录、工程现场管理记录等。
- 同时，还需要收集能够证明挂靠方或被挂靠方在合同履行过程中存在过错或违约行为的证据。
诉讼策略：
- 将挂靠公司作为被告可能增加诉讼的复杂性和成本。因此，在决定诉讼策略时，需要综合考虑诉讼目的、诉讼成本、诉讼风险等因素。
- 如果挂靠方和被挂靠方之间存在明确的责任划分，且被挂靠方具有足够的偿付能力，那么将挂靠公司作为被告可能不是最优选择。
法院裁判倾向：
- 不同地区的法院在处理类似案件时可能存在不同的裁判倾向。因此，在决定是否将挂靠公司作为被告时，需要了解当地法院的裁判实践和倾向。
建议：在建设工程合同纠纷中，是否将挂靠的公司作为被告需根据具体情况和法律规定来综合判断。如果您面临此类问题，建议直接向我咨询，以便根据您的具体情况提供更准确的法律建议。