在刑事案件中，被害人的调解时机选择是一个需要综合考虑多方面因素的问题。一般来说，刑事案件的调解可以在以下三个阶段进行，每个阶段都有其特点和适用条件：
1. 侦查阶段
在侦查阶段，部分轻微刑事案件，如轻伤害案件，在侦查机关（通常是公安机关）的主持下，双方当事人可以就民事赔偿部分进行调解。这一阶段的调解优势在于，如果双方能够达成调解协议，并且犯罪嫌疑人积极履行赔偿义务，表现出真诚的悔过态度，那么在后续的量刑过程中，法院可能会对犯罪嫌疑人给予一定的从轻考量。此外，对于某些符合条件的案件，调解成功后公安机关甚至可以撤销案件。但需要注意的是，这一阶段的调解主要适用于轻微刑事案件，且调解结果需符合法律规定。
2. 审查起诉阶段
在审查起诉阶段，检察院对于一些符合条件的刑事案件，可以建议当事人进行调解。这一阶段的调解通常发生在检察院对案件进行审查后，认为案件有调解的可能性和必要性时。如果调解成功并且犯罪嫌疑人履行了赔偿义务，检察院在提起公诉时可以向法院提出从轻处罚的量刑建议。这对于犯罪嫌疑人来说，是一个争取从轻处理的重要机会。然而，这一阶段的调解也需要双方当事人的自愿和合法，且调解结果不能违背法律的公正原则。
3. 审判阶段
在审判阶段，法院在审理刑事案件过程中，对于附带民事诉讼部分或者一些自诉案件，会组织双方当事人进行调解。这一阶段的调解通常发生在法院对案件进行全面审理后，认为通过调解可以更好地化解矛盾、促进社会和谐时。如果调解达成协议，法院会制作调解书，一经送达即发生法律效力。对于被告人来说，如果能够在审判阶段通过积极赔偿获得被害人的谅解，那么在量刑时可能会得到从轻的处理。但需要注意的是，审判阶段的调解必须遵循自愿、合法的原则，且不能损害国家、集体和第三人的利益。
综合考量
在选择调解阶段时，被害人需要综合考虑案件的性质、严重程度、双方当事人的态度以及调解可能带来的法律后果等因素。对于轻微刑事案件，侦查阶段或审查起诉阶段的调解可能更为合适；而对于涉及复杂民事赔偿或需要法院全面审理的案件，审判阶段的调解可能更为恰当。
注意事项
综上所述，刑事案件被害人在哪个阶段进行调解最好并没有固定的答案，而是需要根据案件的具体情况和双方当事人的意愿来综合判断。