结论前置：公司让填的离职申请书是否有效，需分情况判断，具体如下：

1. 员工自愿填写且内容合法
   若员工主动、自愿填写离职申请书，且申请书中未包含违法条款（如“放弃所有劳动权益”等），则该申请书自员工签字时生效。根据《劳动合同法》第三十七条，劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。此时，离职申请书是员工行使单方解除权的合法证明，公司无需额外支付经济补偿。

2. 公司胁迫或诱导填写
   若公司通过威胁（如“不填离职申请就扣工资”）或欺骗（如“填了申请书还能回来上班”）等手段迫使员工填写，则该申请书可能因违反《劳动合同法》第三十八条（“以欺诈、胁迫的手段或者乘人之危，使对方在违背真实意思的情况下订立或者变更劳动合同的”）而被认定为无效。员工可主张撤销离职行为，并要求继续履行劳动合同或主张违法解除赔偿。

3. 申请书内容违法或显失公平
   若离职申请书中包含“自愿放弃经济补偿”“承担公司全部损失”等违法或显失公平的条款，根据《民法典》第一百五十三条（“违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效”），相关条款无效，但不影响申请书其他部分的效力。员工仍可主张法定经济补偿。

4. 未完成法定程序
   若员工填写离职申请书后，公司未按规定办理离职手续（如未出具解除劳动合同证明、未结清工资等），根据《劳动合同法》第五十条，公司可能面临行政处罚，但不影响离职申请书本身的效力。员工可通过劳动监察或仲裁主张权益。

实务建议：

• 员工填写离职申请书前，应仔细阅读条款，避免签署空白或模糊内容；
  
• 若公司存在胁迫、诱导行为，可留存证据（如录音、聊天记录）并拒绝签署；
  
• 离职后，公司拒不支付经济补偿或未办理手续的，可在1年内申请劳动仲裁。
  

如有具体情境或条款争议，可直接向我咨询，我将结合证据材料进一步分析。