政府采购流标两次后直接指定单位，这一做法通常缺乏明确的法律依据，且可能违反政府采购的公平、公正原则。以下从不同角度对此问题进行分析：

一、政府采购的基本原则

政府采购活动应当遵循公开透明原则、公平竞争原则、公正原则和诚实信用原则。这些原则要求政府采购过程必须公开、公平、公正，确保所有符合条件的供应商都有平等的机会参与竞争。直接指定单位，尤其是在流标两次后，很可能违背了这些基本原则，因为这一做法没有给予所有潜在供应商平等的竞争机会。

二、政府采购的法定程序

根据《中华人民共和国政府采购法》及相关规定，政府采购应当通过公开招标、邀请招标、竞争性谈判、单一来源采购、询价等方式进行。在流标情况下，通常应当重新组织招标或选择其他合法的采购方式，而不是直接指定单位。

1. 重新招标：如果首次招标流标，采购人通常应当分析流标原因，并可能对招标文件进行修改后重新招标。
2. 选择其他采购方式：在符合法定条件的情况下，采购人也可以选择竞争性谈判、单一来源采购等其他采购方式。但这些方式的选择必须严格遵循法定条件和程序。

三、直接指定单位的法律风险

直接指定单位进行政府采购，可能面临以下法律风险：

1. 违反法定程序：如前所述，直接指定单位可能违反了政府采购的法定程序，导致采购行为无效。
2. 引发纠纷和投诉：其他潜在供应商可能对此提出异议或投诉，引发法律纠纷。
3. 损害政府形象：不公正的采购行为可能损害政府的公信力和形象。

四、合法替代方案

在流标两次后，采购人应当考虑以下合法替代方案：

1. 分析流标原因并改进：对流标原因进行深入分析，可能是招标文件设置不合理、供应商资格条件过高或市场供应不足等。根据分析结果改进招标文件或调整采购策略。
2. 重新组织招标：在改进后重新组织招标，确保所有符合条件的供应商都有机会参与竞争。
3. 选择其他合法采购方式：在符合法定条件的情况下，选择竞争性谈判、询价等其他采购方式。

建议：政府采购流标两次后直接指定单位缺乏明确的法律依据，且可能违反政府采购的公平、公正原则。采购人应当遵循法定程序，选择合法的采购方式，确保政府采购活动的公开、公平、公正。如有任何法律疑问或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。