若在重大误解撤销的90天期间内已起诉，但法院流程时间超过了该期间，撤销权是否仍有效，需分情况讨论：
一、撤销权行使的法定要求
根据《民法典》的相关规定，重大误解的撤销权行使期间为90天，这是一个法定的除斥期间，自当事人知道或者应当知道撤销事由之日起算。此期间不能中止、中断或延长。当事人需在90天内明确表示要撤销民事法律行为，并向法院或仲裁机构提出申请，否则撤销权消灭。
二、法院流程时间超过90天期间的法律后果
若在90天内已提交撤销申请：
- 当事人已在知道或应当知道撤销事由之日起90天内，向法院或仲裁机构提交了撤销申请，即视为已行使撤销权。
- 此后，即使法院的审理流程超过了90天期间，也不影响撤销权的行使效力。因为撤销权的消灭是以“是否在法定期间内提出申请”为判断标准，而非以“法院是否在法定期间内作出裁决”为判断标准。
- 在此情况下，撤销权仍然有效，法院应继续审理并作出裁决。
若在90天内未明确表示撤销意愿或未提交申请：
- 当事人未在90天内明确表示要撤销民事法律行为，或未向法院或仲裁机构提交撤销申请，则撤销权消灭。
- 此后，即使当事人再向法院提起诉讼，要求撤销因重大误解实施的民事法律行为，法院也不会支持。
三、法律建议
及时行使撤销权：
- 当事人一旦发现存在重大误解，且希望撤销因该误解实施的民事法律行为，应立即准备相关证据，并在知道或应当知道撤销事由之日起90天内，向法院或仲裁机构提交撤销申请。
- 避免因拖延时间而导致撤销权消灭。
关注法院审理进度：
- 在提交撤销申请后，当事人应关注法院的审理进度，及时与法院沟通，了解案件审理情况。
- 若法院审理时间过长，当事人可考虑向法院提出加快审理的请求，或咨询专业律师，了解是否可采取其他法律措施维护自身权益。
考虑其他救济途径：
- 若撤销权已因超过90天期间而消灭，当事人可考虑与对方协商变更合同内容，或寻找对方违约情况，通过追究违约责任等方式维护自身合法权益。
如有进一步疑问或需要法律帮助，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供更详细的法律建议。