因重大误解申请撤销合同的时效并非从申请立案日计算，而是从当事人知道或者应当知道撤销事由之日起计算，且该时效期间为九十日。以下是对这一问题的详细解释：
法律依据
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，因重大误解订立的合同，当事人一方有权请求人民法院或者仲裁机构撤销。而撤销权的行使期限，即除斥期间，为自当事人知道或者应当知道撤销事由之日起九十日内。这一规定明确了撤销权行使的时效起点和时长，是判断撤销权是否有效行使的关键。
时效计算
时效起点：时效从当事人知道或者应当知道撤销事由之日起计算。这意味着，如果当事人在合同订立后的一段时间内才发现存在重大误解，那么时效就从发现或应当发现之日起算，而不是从合同订立之日或申请立案之日起算。
时效时长：时效期间为九十日。这是一个相对较短的期限，旨在促使当事人及时行使撤销权，维护交易秩序的稳定。如果当事人在这一期限内未行使撤销权，则撤销权消灭，合同将继续有效。
实际应用中的注意事项
及时行使权利：由于撤销权的行使期限较短，当事人在发现存在重大误解后，应尽快咨询专业律师，了解自身权利，并在法定期限内行使撤销权。
证据收集：在行使撤销权时，当事人需要提供充分的证据证明存在重大误解。因此，在发现误解后，当事人应积极收集相关证据，如合同文本、沟通记录、专业鉴定意见等，以支持其撤销合同的请求。
法律程序：撤销合同的请求通常需要通过诉讼或仲裁程序来实现。当事人在提起诉讼或申请仲裁前，应了解相关程序要求，准备必要的法律文件，并按照法定程序进行操作。
可能的法律后果
如果当事人在法定期限内未行使撤销权，或者行使撤销权但未能提供充分证据证明存在重大误解，那么合同将继续有效，当事人需要履行合同约定的义务。如果当事人已经履行了部分或全部合同义务，且无法通过其他途径挽回损失，那么可能会面临一定的经济损失。
建议：如果您因重大误解而考虑申请撤销合同，请务必在知道或应当知道撤销事由之日起九十日内及时行使权利，并咨询专业律师以获取更具体的法律建议。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。