针对个体工商户中两名店员联合辞职的情况，结合法律实务经验，核心处理方向如下：

结论前置：

1. 需按法定程序处理离职手续，避免因程序瑕疵引发劳动纠纷；
   
2. 需结清工资及经济补偿（如有），防止员工主张拖欠工资；
   
3. 需核查是否涉及竞业限制或保密义务，降低后续经营风险。
   

具体处理步骤及法律依据

1. 确认离职性质及程序合法性

根据《劳动合同法》第三十七条，劳动者提前30日（试用期提前3日）书面通知用人单位即可解除劳动合同。若两名员工未提前通知或未履行书面手续，用人单位可要求其继续履行工作义务至通知期满，但不得强制留人。

• 操作建议：要求员工提交书面辞职申请，明确离职日期，并签字确认。若员工拒绝，可通过微信、邮件等书面形式留存沟通记录。
  

2. 结清工资及经济补偿

• 工资结算：根据《工资支付暂行规定》第九条，劳动关系解除时，用人单位应一次性付清工资。若拖欠工资，员工可依据《劳动合同法》第三十八条主张被迫解除劳动合同，并要求支付经济补偿金（按工作年限，每满1年支付1个月工资）。
  
• 经济补偿：若员工因个人原因主动辞职（非用人单位过错），则无需支付经济补偿；但若用人单位存在未缴社保、未签劳动合同等违法行为，员工可主张补偿。
  
• 操作建议：在离职当日结清工资，并要求员工签署《工资结清确认书》，避免后续争议。
  

3. 核查竞业限制及保密义务

若员工岗位涉及商业秘密（如客户名单、经营模式等），且双方签订了竞业限制协议，则需按协议约定支付补偿金，否则员工无需履行竞业限制义务。

• 操作建议：检查劳动合同或专项协议中是否约定竞业限制条款。若无约定，无需额外处理；若有约定，需评估是否需支付补偿金，或与员工协商解除协议。
  

4. 办理离职手续及工作交接

根据《劳动合同法》第五十条，用人单位应在解除劳动合同时出具离职证明，并在15日内办理档案和社会保险关系转移手续。

• 操作建议：要求员工完成工作交接，并签署《工作交接清单》，明确交接内容及责任。若员工拒绝交接，可暂缓办理离职手续，但不得扣押工资或证件。
  

风险防范提示

• 避免口头协议：所有离职相关事项（如工资结算、交接时间）需以书面形式确认，防止员工事后反悔。
  
• 关注群体效应：两名员工同时离职可能影响经营，建议提前招聘替代人员，并与其他员工沟通，稳定团队情绪。
  
• 保留证据：保存辞职申请、工资发放记录、交接清单等材料，以备劳动仲裁或诉讼使用。
  

若涉及具体纠纷（如员工主张违法解除、未缴社保等），可进一步提供细节，我将结合个案分析风险点及应对策略。