劳务派遣人员的工时制申请主体应为派遣公司。以下从不同角度对此问题进行详细分析：
一、法律关系角度
在劳务派遣关系中，存在两个主要的法律关系：一是派遣公司与劳务派遣人员之间的劳动关系；二是派遣公司与实际用工单位（工作单位）之间的劳务派遣协议关系。根据《劳动合同法》及相关规定，劳务派遣人员与派遣公司签订劳动合同，建立劳动关系，因此，派遣公司作为用人单位，有义务为劳务派遣人员申请工时制。
二、责任承担角度
若劳务派遣人员在工作过程中发生因工时问题引发的纠纷，如超时工作、未支付加班费等，根据法律规定，派遣公司作为用人单位，应承担相应的法律责任。因此，从责任承担的角度来看，派遣公司也有必要为劳务派遣人员申请工时制，以确保其用工行为的合法性。
三、实际操作角度
在实际操作中，派遣公司通常负责劳务派遣人员的招聘、培训、工资发放、社保缴纳等事务。工时制作为用工管理的重要环节，也应由派遣公司负责申请和管理。这样有助于派遣公司统一管理劳务派遣人员的用工情况，提高管理效率。
四、特殊情况说明
虽然一般情况下应由派遣公司申请工时制，但在某些特殊情况下，如实际用工单位对劳务派遣人员的工作时间有特殊要求，且该要求符合法律法规的规定，那么在实际操作中，派遣公司可以与实际用工单位协商，由实际用工单位协助或参与工时制的申请和管理。但这种情况并不改变派遣公司作为申请主体的法律地位。
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