自动离职原因填写为“协商一致”，单位是否能通过，需视具体情况而定。以下从不同角度进行分析：
一、协商一致解除劳动合同的法律基础
根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者协商一致，可以解除劳动合同。这意味着，如果劳动者主动提出离职，并与用人单位就离职事宜达成一致，那么双方可以以协商一致的方式解除劳动合同。在此情况下，劳动者在离职申请上填写“协商一致”作为离职原因，是符合法律规定的。
二、自动离职与协商一致的区别
自动离职：通常指的是劳动者未经用人单位同意，擅自离开工作岗位的行为。这种行为可能构成违约，劳动者可能需要承担相应的法律责任，如赔偿用人单位的损失等。
协商一致离职：则是劳动者与用人单位就离职事宜进行充分沟通并达成一致后，劳动者按照双方约定的方式离开工作岗位。这种行为是合法的，且通常不会引发法律纠纷。
三、单位对离职原因的审核
如果单位认可协商一致：那么劳动者在离职申请上填写“协商一致”作为离职原因，单位通常会予以通过。因为这种情况下，双方已经就离职事宜达成了共识，单位没有理由拒绝。
如果单位不认可协商一致：那么劳动者填写“协商一致”作为离职原因，单位可能会不予通过。这可能是因为单位认为劳动者是擅自离职，而非双方协商一致的结果。在这种情况下，劳动者可能需要提供证据证明双方确实就离职事宜进行了协商并达成了一致。
四、法律建议
保留协商证据：为了确保单位能够认可“协商一致”的离职原因，劳动者在协商过程中应保留相关证据，如书面协议、聊天记录等。这些证据可以在必要时证明双方确实就离职事宜进行了协商并达成了一致。
与单位沟通：在填写离职申请前，劳动者应与单位进行充分沟通，明确双方对离职事宜的看法和态度。如果单位对“协商一致”的离职原因有异议，劳动者可以尝试与单位进一步协商，以达成共识。
遵守法律规定：无论选择何种离职方式，劳动者都应遵守相关法律规定，确保自己的行为合法合规。如果因离职而引发法律纠纷，劳动者应及时寻求法律援助，以维护自己的合法权益。
总结来看，自动离职原因填写为“协商一致”时，单位是否能通过取决于双方是否就离职事宜进行了协商并达成了一致。如果双方确实协商一致，那么单位通常会予以通过；如果单位不认可协商一致，那么劳动者可能需要提供证据证明双方确实进行了协商。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。