即使协议中写了工资已结清无任何经济纠纷并已签字，但和原合同金额相差较大，该协议并不一定完全有效，你有权根据实际情况采取相应的法律措施。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、协议的法律效力
协议的基本效力：
- 双方签订的协议，在符合法律规定且不存在欺诈、胁迫等情形时，通常具有法律效力。这意味着，如果协议内容明确、双方自愿签署，且没有违反法律强制性规定，那么该协议在法律上是被认可的。
协议中的“工资已结清无任何经济纠纷”条款：
- 这一条款是协议的重要组成部分，如果双方确实已经按照该条款履行了义务，即工资已经结清且没有其他经济纠纷，那么该条款对双方都具有约束力。
二、原合同金额与协议金额相差较大的情况
可能的原因：
- 双方在签订协议时可能存在误解或沟通不畅，导致协议金额与原合同金额不一致。
- 雇主可能利用信息不对称或优势地位，迫使员工接受较低的工资结清金额。
- 员工可能由于急需资金或其他原因，而自愿接受了较低的金额。
法律后果：
- 如果协议金额明显低于原合同金额，且员工能够证明这一点：员工可以主张协议存在显失公平或欺诈的情形，从而要求撤销或变更该协议。在这种情况下，员工需要提供充分的证据来证明协议金额与原合同金额的差异，以及这种差异是由于雇主的欺诈、胁迫或利用优势地位造成的。
- 如果协议金额与原合同金额相差不大，或者员工无法证明差异的存在及原因：则协议可能被视为双方的真实意思表示，对双方都具有约束力。在这种情况下，员工可能难以主张撤销或变更协议。
三、建议与措施
收集证据：
- 员工应尽快收集与原合同、协议以及工资支付相关的所有证据，包括合同文本、工资条、银行转账记录、沟通记录等。这些证据将有助于证明协议金额与原合同金额的差异，以及这种差异的原因。
与雇主协商：
- 在收集到足够证据后，员工可以尝试与雇主进行协商，寻求双方都能接受的解决方案。如果协商成功，可以签订补充协议或修改原协议，以明确双方的权益和义务。
寻求法律援助：
- 如果协商无果，员工可以寻求法律援助或咨询专业律师。律师将根据具体情况为员工提供法律建议，并帮助员工制定合适的维权策略。这可能包括向劳动争议仲裁委员会申请仲裁、向法院提起诉讼等。
注意时效限制：
- 员工在主张权利时应注意时效限制。根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的规定，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。因此，员工应在知道或应当知道其权利被侵害之日起一年内提出仲裁申请。
如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我将根据你的具体情况为你提供专业的法律建议。