劳动者违反保密义务支付违约金的约定，在一般情况下并不合法，但需结合具体情况和法律规定进行细致分析。以下是对该问题的详细解答：

1. 法律依据与基本规定

根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密及与知识产权相关的保密事项。然而，该法并未明确允许在劳动合同中就单纯违反保密义务约定违约金。实际上，劳动合同法明确规定的劳动者承担违约金的情形仅限于违反服务期和竞业限制约定两种。

1. 竞业限制与单纯保密义务的区分

   • 竞业限制：当保密合同中包含竞业限制条款，并且用人单位已支付经济补偿金时，劳动者若违反竞业限制约定，需支付违约金。但这种情况下，违约金的约定是附条件的，即与竞业限制条款和经济补偿金支付相关联。

   • 单纯保密义务：即便没有竞业限制条款，仅就保密义务本身而言，《劳动合同法》并未明确禁止在劳动合同中约定违反保密义务时需支付的违约金。但在司法实践中，这类约定往往被视为无效，因为它们违反了劳动合同法关于违约金约定的限制性规定。

2. 司法实践中的认定

在司法实践中，法院通常认为，除违反服务期和竞业限制约定外，用人单位不得与劳动者约定由劳动者承担违约金。因此，如果劳动合同中仅就违反保密义务约定了违约金，而没有涉及竞业限制或服务期约定，那么这类违约金条款很可能被法院认定为无效。

1. 法律后果与建议

   • 如果劳动者违反了保密义务，但劳动合同中并未就违反保密义务约定违约金，或者该违约金条款被法院认定为无效，那么用人单位通常不能要求劳动者支付违约金。

   • 然而，根据《劳动合同法》第九十条的规定，劳动者违反劳动合同中约定的保密义务或者竞业限制，给用人单位造成损失的，应当承担赔偿责任。因此，用人单位可以要求劳动者赔偿因违反保密义务而造成的实际损失。

   • 对于劳动者而言，在签署劳动合同或保密协议时，应仔细阅读合同条款，了解自己的权利与义务。如果合同中存在不合理的违约金条款或其他违法条款，应及时与用人单位沟通协商或寻求法律援助。

综上所述，劳动者违反保密义务支付违约金的约定在一般情况下并不合法。用人单位在设定保密条款和违约金时，应严格遵守相关法律法规的规定，并确保其合理性与公平性。劳动者在签署相关合同时也应保持警惕，避免陷入不必要的法律纠纷。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。