用人单位与劳动者订立保密协议时，可以约定违约金，但这一约定必须严格遵守相关法律法规，并确保其合理性与公平性。以下是对这一问题的详细分析：
一、法律依据与基本规定
根据《中华人民共和国劳动合同法》第二十三条的规定，用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项。对于负有保密义务的劳动者，用人单位有权在劳动合同或专门的保密协议中设定竞业限制条款，这些条款通常包括在劳动合同解除或终止后的一段时间内（一般不超过二年），劳动者不得从事与原用人单位存在竞争关系的工作或活动。作为补偿，用人单位需按月向劳动者支付一定的经济补偿金。若劳动者违反了竞业限制约定，则需按照事先的约定向用人单位支付违约金。
二、竞业限制与单纯保密义务的区分
竞业限制：当保密合同中包含了明确的竞业限制条款，并且用人单位已按约支付了相应的经济补偿金时，劳动者若违反这些条款，就必须按照约定支付违约金。竞业限制的期限、范围、地域等应合理设定，以避免过度限制劳动者的就业权利。
单纯保密义务：即便没有竞业限制条款，仅就保密义务本身而言，《劳动合同法》并未明确禁止在劳动合同中约定违反保密义务时需支付的违约金。在司法实践中，只要这类约定不违反法律法规、不显失公平，且不存在其他无效或可撤销的情形，通常会被认定为有效。因此，劳动者在单纯违反保密义务的情况下，也可能需要支付违约金。不过，这种情况下违约金的约定需要更加谨慎，确保不违反法律法规的强制性规定，并且合理公平。
三、违约金的合理性
在保密劳动合同中约定违约金时，其数额必须合理。过高的违约金可能被视为对劳动者的过度约束，从而被法院或仲裁机构认定为无效；而过低的违约金则可能无法起到应有的约束作用，导致保密条款形同虚设。因此，用人单位在设置违约金时，应充分考虑劳动者的经济状况、违约行为的严重程度以及给用人单位造成的实际损失等因素，以确保违约金的合理性与有效性。
四、实际操作建议
明确保密范围和内容：保密协议应明确界定商业秘密的范围和内容，避免使用模糊或笼统的语言。这有助于在发生纠纷时准确判断劳动者是否违反了保密义务。
合理确定违约金数额：违约金的数额应与可能造成的损失相适应，既不应过高也不应过低。用人单位可以根据商业秘密的价值、劳动者的职位和薪资水平等因素来合理设定违约金数额。
完善保密制度和措施：用人单位应建立完善的保密制度和措施，加强对商业秘密的保护和管理。这不仅可以降低商业秘密泄露的风险，还可以在发生纠纷时提供有力的证据支持。
咨询专业律师：在订立保密协议和约定违约金时，用人单位最好咨询专业律师的意见，以确保协议的合法性和有效性。
总结：用人单位与劳动者订立保密协议时，可以约定违约金，但必须严格遵守相关法律法规，确保违约金的合理性与公平性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。