保密协议中可以约定违约金。

根据《劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者可以在劳动合同或保密协议中约定保守商业秘密和与知识产权相关的保密事项，并对负有保密义务的劳动者约定竞业限制条款。若劳动者违反竞业限制约定，应当按照约定向用人单位支付违约金。这一规定明确了保密协议中可以包含违约金条款，以作为对守约方权益的一种保障机制。

在签订保密协议时，双方应明确约定违约金条款，并确保条款内容合法、合理。违约金的数额应根据违约行为可能给对方造成的损失等因素合理确定，避免过高或过低。过高的违约金可能被认定为显失公平而被调整，而过低的违约金则可能无法有效起到约束违约行为的作用。

因此，在保密协议中约定违约金是合法且有效的，但需注意违约金的合理性及合法性，以确保协议的有效执行。如有任何关于保密协议或违约金的具体问题，欢迎随时向我咨询。