签署保密协议时设定违约金，在符合一定条件下是合法的。以下是对这一问题的详细分析：

1. 保密协议中设定违约金的合法性基础：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，双方当事人在签订保密协议时，可以基于平等、自愿、公平等原则，协商一致确定具体的违约金数额。只要该数额合理且不违反法律法规强制性规定和公序良俗，此约定即具有法律效力。

2. 保密协议中设定违约金需满足的条件：

   • 违约金金额合理适度：违约金金额既不可过高也不宜过低。过高的违约金可能会被视为不公正的条款而得不到法院的支持；过低的违约金则难以有效地弥补由于泄露机密所带来的损失。
   • 遵守法律法规强制性规定：保密协议的相关约定应严格遵守法律法规的强制性规定，不得有任何形式的违反法律、行政法规强制性规定的情况出现。
   • 双方平等自愿协商：协议双方务必是在平等、自愿以及公平的基础上去协商达成的各项约定，不许存在任何欺诈、胁迫等导致合同无效的因素。

3. 保密协议中违约金过高的法律处理：

   • 若保密协议中约定的违约金过高，法律一般不会完全支持。在司法实践中，当一方主张违约金过高请求调整时，法院或仲裁机构会以实际损失为基础，兼顾合同的履行情况、当事人的过错程度以及预期利益等综合因素，根据公平原则和诚实信用原则予以衡量并作出裁决。
   • 如果违约方认为违约金过高，应当提供相应证据证明违约金过分高于造成的损失。通常，实际损失包括直接损失和可得利益损失。若约定的违约金超过造成损失的百分之三十，一般会被认定为“过分高于造成的损失”，司法机关大概率会酌情予以适当减少。

4. 保密协议中违约金数额的确定方法：

   • 在能够确定实际损失的情况下，违约金通常以实际损失为基础，上下浮动不超过30%的范围较为常见。
   • 在难以确定实际损失时，则需根据商业秘密的价值、保密措施的成本、违约行为的情节等因素来酌情确定一个合理的违约金数额。

综上所述，签署保密协议时设定违约金，在符合主体适格、意思表示真实、内容合法、数额合理等条件下是合法的。然而，若存在违反法律强制性规定、显失公平或欺诈胁迫等情形，则可能导致违约金条款无效。因此，在设定保密协议中的违约金时，双方应充分考虑上述因素，并遵循合理性与公正性原则，以确保协议的合法性和有效性。如果您在保密协议或违约金设定方面有任何疑问或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。