单独保密义务约定违约金在符合一定条件下是合法的。以下是对此问题的详细分析：
合法性的核心条件
主体适格：
- 签订保密协议的双方必须具备相应的民事行为能力，能够理解协议内容并独立承担民事责任。例如，企业需具备合法经营资格，员工需达到法定劳动年龄且智力、精神状况正常。
意思表示真实：
- 双方签订保密协议时，必须基于自愿、平等的基础上，不存在欺诈、胁迫、乘人之危等情形。确保协议是双方真实意愿的表达，这是协议有效性的关键。
内容合法：
- 保密协议的内容必须严格遵守法律、行政法规的强制性规定，不得损害国家利益、社会公共利益和他人合法权益。所保护的商业秘密、技术秘密等信息需符合法律规定，且约定的保密事项应合理。
违约金数额合理：
- 违约金的数额应基于违约可能造成的损失、保密信息的重要性及违约可能获得的利益等因素合理确定。过高的违约金可能被法院调整为合理数额，通常不超过造成损失的百分之三十。例如，如果因泄露商业秘密导致的直接经济损失为10万元，那么约定的违约金一般不应超过13万元，但具体还需根据案件情况综合判断。
合法性的法律依据
- 《中华人民共和国民法典》第五百七十七条：当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。这一条款为保密协议中约定违约金提供了法律基础。
- 《中华人民共和国民法典》第五百八十五条：明确规定了当事人可以约定一方违约时根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，或约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。
无效或可撤销的情形
违反法律强制性规定：
- 若保密协议中的违约金条款违反了法律、行政法规的强制性规定，如约定的违约金过高且明显超出合理范围，该条款可能被认定无效。
显失公平：
- 如果保密协议中关于违约金的约定对一方明显不公平，例如仅规定员工违约需承担高额违约金而企业无需承担任何责任，这样的条款可能因显失公平而被认定无效。
存在欺诈、胁迫等情形：
- 若一方是在被欺诈、胁迫的情况下签订保密协议并约定违约金，受损害方有权请求人民法院或仲裁机构变更或撤销该协议，违约金条款也随之无效。
实际应用建议
- 明确违约金数额：在保密协议中明确约定违约金的数额或计算方法，避免模糊或不确定性，以确保在发生纠纷时能准确确定赔偿金额。
- 合理评估损失：在设定违约金时，应充分考虑实际损失的大小，包括直接经济损失和间接损失，确保违约金数额与实际损失大致相当。
- 遵守法律法规：确保保密协议的相关约定严格遵守法律法规的强制性规定，不得有任何形式的违反法律、行政法规强制性规定的情况出现。
总结来说，单独保密义务约定违约金在符合主体适格、意思表示真实、内容合法、违约金数额合理等条件下是合法的。然而，若存在违反法律强制性规定、显失公平或欺诈胁迫等情形，则可能导致违约金条款无效或可撤销。在实际应用中，双方应确保协议内容合法合规、违约金数额合理明确，并在签订前充分沟通协商以避免后续纠纷。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。