保密协议只约定违约金，在符合法定条件的情况下是合法的，但也可能存在无效的情形。以下是对此问题的详细分析：
合法情形
主体适格与意思表示真实：
- 签订保密协议的双方必须具备相应的民事行为能力，且协议是双方真实意愿的表达，不存在欺诈、胁迫等情形。这是保密协议及其违约金条款有效的基本前提。
内容合法且合理：
- 保密协议的内容必须合法，不得违反法律、行政法规的强制性规定。同时，违约金的数额应合理，与可能造成的损失相适应。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。
明确约定违约金：
- 保密协议中应明确约定违约金的数额或计算方法，以便在发生纠纷时能够准确确定赔偿金额。这种明确性有助于减少争议，提高协议的可执行性。
无效情形
违反法律强制性规定：
- 如果保密协议中的违约金条款违反了法律、行政法规的强制性规定，如约定的违约金过高且明显超出合理范围，该条款可能被认定无效。例如，根据《中华人民共和国劳动合同法》的规定，除服务期和竞业限制这两种情况外，用人单位不得与劳动者约定由劳动者承担其他内容的违约金。因此，在保密协议中直接约定高额违约金可能面临法律风险。
显失公平：
- 如果保密协议中关于违约金的约定对一方明显不公平，例如仅规定一方违约需承担高额违约金而另一方无需承担任何责任，这样的条款可能因显失公平而被认定无效。法院在审理此类案件时，会综合考虑双方的权利义务是否对等、违约金数额是否合理等因素。
存在欺诈、胁迫等情形：
- 若一方是在被欺诈、胁迫的情况下签订保密协议并约定违约金，受损害方有权请求人民法院或仲裁机构变更或撤销该协议，违约金条款也随之无效。这是为了保护当事人的合法权益，防止因欺诈、胁迫等不正当手段而签订不公平的协议。
实际应用建议
合理设定违约金数额：
- 在签订保密协议时，双方应充分考虑实际损失、合理预期、违约行为的性质与后果以及商业秘密的价值与重要性等因素，合理设定违约金数额。避免过高或过低的违约金设定，以确保协议的合法性和有效性。
明确保密范围和内容：
- 保密协议应明确界定商业秘密的范围和内容，避免使用模糊或笼统的语言。这有助于在发生纠纷时准确判断违约行为是否成立，以及违约金的数额是否合理。
完善保密制度和措施：
- 用人单位应建立完善的保密制度和措施，加强对商业秘密的保护和管理。这不仅可以降低商业秘密泄露的风险，还可以在发生纠纷时提供有力的证据支持。
寻求法律帮助：
- 在签订保密协议或处理相关纠纷时，如果双方对违约金条款的合法性或合理性存在疑问，建议寻求专业律师的法律帮助。律师可以根据具体情况提供针对性的法律建议和解决方案。
如果您在保密协议或违约金方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。