结论：保密协议约定违约金100万是否合理，并非一个简单的“是”或“否”的问题，而是需要结合法律规定、实际损失、违约行为的性质与后果、保密信息的价值以及双方当事人的具体情况来综合判断。
一、法律基础与原则
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金。这一规定体现了合同自由原则，即双方当事人在签订保密协议时，有权基于平等、自愿、公平等原则，协商一致确定具体的违约金数额。然而，这种自由并非无限制的，约定的违约金应当合理，不应过分高于或低于实际造成的损失。如果约定的违约金过分高于造成的损失，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。
二、合理性判断因素
实际损失：
- 违约金的主要目的是弥补因违约行为给对方造成的损失。因此，在判断100万违约金是否合理时，首先要考虑的是实际损失的大小。如果实际损失远低于100万，那么这一违约金数额可能被视为过高。
- 例如，若因泄密导致的直接经济损失仅为20万，而约定的违约金为100万，那么法院在审理时可能会认为这一违约金数额过高，从而根据实际情况进行调整。
违约行为的性质与后果：
- 违约行为的性质和后果也是判断违约金是否合理的重要因素。如果违约行为是故意的，且后果严重，如泄露了公司的核心商业秘密，导致公司遭受重大损失，那么较高的违约金可能是合理的。
- 相反，如果违约行为是过失的，且后果相对较轻，那么较低的违约金可能更为合适。
保密信息的价值：
- 保密信息的价值也是判断违约金是否合理的重要依据。如果保密信息具有极高的商业价值，如独特的生产工艺、客户名单等，一旦泄露可能给公司带来巨大损失，那么较高的违约金可能是必要的。
- 在这种情况下，100万的违约金可能被视为对公司商业利益的一种合理保护。
双方当事人的具体情况：
- 双方当事人的具体情况，如经济实力、行业地位等，也可能对违约金的合理性产生影响。例如，对于经济实力雄厚的大型企业来说，100万的违约金可能并不构成过大的负担；而对于经济实力较弱的小型企业或个人来说，这一数额可能过高。
三、司法实践中的调整
在司法实践中，如果约定的违约金过高或过低，违约方或守约方均有权向人民法院或仲裁机构申请调整违约金数额。法院或仲裁机构在审理时，会综合考虑上述因素，以及合同履行情况、过错程度、预期利益等因素，对违约金进行适当调整。
四、建议
- 在协议中明确保密信息的具体范围和价值评估依据：这有助于在发生纠纷时，为法院或仲裁机构提供明确的判断依据。
- 设置分阶段违约金标准：根据泄密信息的重要程度分级设定违约金，使违约金数额与泄密行为的严重程度相匹配。
- 保留损失计算方法的书面说明作为附件：这有助于在发生纠纷时，证明实际损失的大小，从而为法院或仲裁机构的调整提供依据。
- 定期评估保密信息价值变化并更新协议条款：随着市场环境和公司业务的发展，保密信息的价值可能会发生变化。因此，定期评估并更新协议条款是必要的。
综上所述，保密协议约定违约金100万是否合理，需要结合多种因素进行综合判断。如果你对此有进一步的疑问或需要具体的法律建议，请直接向我咨询。