当公司员工在开车时发生交通事故并受伤，涉及到工伤保险和交通事故保险的赔偿问题时，确实可以同时申请赔付，但具体赔付项目和金额可能会根据实际情况有所调整，部分项目不能重复赔偿。
首先，根据《最高人民法院关于因第三人造成工伤的职工或其亲属在获得民事赔偿后是否还可以获得工伤保险补偿问题的答复》，当工伤与交通事故发生竞合时，伤者是可以既享受工伤待遇又向肇事司机索赔，即获得双重赔偿。然而，这并不意味着所有赔偿项目都可以双倍获得。
对于赔偿的具体处理原则如下：
医疗费、康复费、辅助器具配置更换费等费用：这些属于实际损失类费用，通常只能按实际发生金额给付。如果已按相关事故伤害处理规定（如交通事故赔偿）获得相应赔付，那么工伤保险或用人单位将不再重复给付。若交通事故赔偿的金额低于工伤保险规定的标准水平，属于参保职工的，应当由工伤保险基金补足差额至规定标准。
住院伙食补助费、就医交通住宿费、停工留薪期工资和护理费：这些费用项目同样不能重复给付。如果已按相关事故伤害处理规定获得赔付，且赔付金额不低于工伤保险规定的标准水平，那么工伤保险或用人单位将不再支付。若赔付金额低于工伤保险规定的标准水平，应当由用人单位补足差额至规定标准。
赔偿性的待遇项目：对于如一次性伤残补助金、伤残津贴等专属于工伤保险的赔偿性待遇项目，只要工伤保险法律法规没有作出竞合规定，应依法按规定赔偿相应的待遇项目。这些项目通常不受交通事故赔偿的影响，可以独立享有。
综上所述，工伤保险和交通事故保险在赔偿时是可以同时申请的，但具体赔付项目和金额需要根据实际情况和法律规定来确定。在处理这类问题时，建议受伤员工及时咨询专业律师或相关机构以获取准确的法律意见和帮助。